PDB-1cix: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ANTIMICROBIAL PEPTIDE TACHYSTATIN ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1cix

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ANTIMICROBIAL PEPTIDE TACHYSTATIN A ISOLATED FROM HORSESHOE CRAB

要素

PROTEIN (TACHYSTATIN A)

キーワード

ANTIMICROBIAL PEPTIDE / CHITIN-BINDING PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Tachypleus tridentatus (カブトガニ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMMULATED ANNEALING

データ登録者

Fujitani, N. / Kawabata, S. / Osaki, T. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Nitta, K. / Kawano, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of the antimicrobial peptide tachystatin A.
著者: Fujitani, N. / Kawabata, S. / Osaki, T. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Nitta, K. / Kawano, K.

履歴

登録	1999年4月6日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1cix.cif.gz	322.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1cix.ent.gz	268.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1cix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/1cix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/1cix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bn8-d 1vb0-d 7aty-d 2ksl-d 2ecm-d 1uuc-d 2lwl-d 2kze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (TACHYSTATIN A)

5.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	24 / 50	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (TACHYSTATIN A) 分子量: 5067.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HEMOLYMPH OF HORSESHOE CRAB / 由来: (天然) Tachypleus tridentatus (カブトガニ) / 参照: UniProt: Q9U8X3
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO-DIMENSIONAL PROTON NMR SPECTRA, DQF- COSY, TOCSY AND NOESY.

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL ALPHA 500 / 製造業者: JEOL / モデル: ALPHA 500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR3.1		structure calculation

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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