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- PDB-2lwl: Structural Basis for the Interaction of Human β-Defensin 6 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lwl
タイトルStructural Basis for the Interaction of Human β-Defensin 6 and Its Putative Chemokine Receptor CCR2 and Breast Cancer Microvesicles
要素Beta-defensin 106
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / breast cancer / dynamic
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR2 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / antifungal innate immune response / lipopolysaccharide binding / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response ...CCR2 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / antifungal innate immune response / lipopolysaccharide binding / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-defensin / Beta defensin / Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A / Antimicrobial Peptide, Beta-defensin 2; Chain A / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者de Paula, V.S. / Gomes, N.S.F. / Lima, L.G. / Miyamoto, C.A. / Monteiro, R.Q. / Almeida, F.C.L. / Valente, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Interaction of Human beta-Defensin 6 and Its Putative Chemokine Receptor CCR2 and Breast Cancer Microvesicles.
著者: De Paula, V.S. / Gomes, N.S. / Lima, L.G. / Miyamoto, C.A. / Monteiro, R.Q. / Almeida, F.C. / Valente, A.P.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-defensin 106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4441
ポリマ－5,4441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beta-defensin 106 / Beta-defensin 6 / BD-6 / DEFB-6 / Defensin / beta 106


分子量: 5444.380 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB106A, BD6, DEFB106, DEFB6, DEFB106B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N104
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium phosphate, 0.2-0.6 mM [U-99% 15N] sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.6 mMsodium phosphate-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
mMsodium phosphate-2[U-99% 15N]0.2-0.61
試料状態イオン強度: 5 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software名称: ARIA/CNS version / バージョン: 1.2 / 開発者: Nilges, M. / 分類: 精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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