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万見
- PDB-3ngg: X-ray Structure of Omwaprin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ngg
タイトルX-ray Structure of Omwaprin
要素Omwaprin-a
キーワードANTIBIOTIC / Venom protein / racemic protein crystallography / Direct methods
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated disruption of cell wall in another organism / peptidase inhibitor activity / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oxyuranus microlepidotus (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Banigan, J.R. / Mandal, K. / Sawaya, M.R. / Thammavongsa, V. / Hendrickx, A.P.A. / Schneewind, O. / Yeates, T.O. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Determination of the X-ray structure of the snake venom protein omwaprin by total chemical synthesis and racemic protein crystallography.
著者: Banigan, J.R. / Mandal, K. / Sawaya, M.R. / Thammavongsa, V. / Hendrickx, A.P. / Schneewind, O. / Yeates, T.O. / Kent, S.B.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Omwaprin-a
B: Omwaprin-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2432
ポリマ－11,2432
非ポリマー00
水2,522140
1
A: Omwaprin-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6221
ポリマ－5,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Omwaprin-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6221
ポリマ－5,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.090, 46.558, 39.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.75, 90.00
Int Tables number14
Space group name H-MP121/c1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Omwaprin-a / Oxywaprin-a / Oxywaprin


分子量: 5621.564 Da / 分子数: 2 / 断片: L-Omwaprin / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis / 由来: (合成) Oxyuranus microlepidotus (コブラ) / 参照: UniProt: P83952
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 61% Tacsimate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. all: 35749 / Num. obs: 35749 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.33→44.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.924 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The structure is from Racemic Protein Crystal where both L- and D- Omwaprin present. The asymmetry unit contains two L-Omwaprin proteins that can be transformed to D-Omwaprin through space ...詳細: The structure is from Racemic Protein Crystal where both L- and D- Omwaprin present. The asymmetry unit contains two L-Omwaprin proteins that can be transformed to D-Omwaprin through space group P21/C. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20979 1756 5 %RANDOM
Rwork0.17419 ---
obs0.17602 33231 97.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 0 0 140 854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9472.0311030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0331461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.056598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39226.12931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.96715144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.082154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7011.5486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1251.5182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3322794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9863274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6164.5233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.61331350
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.023140
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.06531322
LS精密化 シェル解像度: 1.331→1.366 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 110 -
Rwork0.213 1954 -
obs--77.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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