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万見
- PDB-6kbv: Three-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kbv
タイトルThree-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRKP-KYE28
要素
  • Heparin cofactor 2
  • VG16KRKP
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide (AMP) / antibiotic resistance / synergism / lipopolysaccharide (LPS) / bacterial membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / chemotaxis / blood coagulation / heparin binding / endoplasmic reticulum lumen ...endopeptidase inhibitor activity / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / chemotaxis / blood coagulation / heparin binding / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heparin cofactor II, serpin domain / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Heparin cofactor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ilyas, H. / Bhunia, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the combinatorial effects of antimicrobial peptides reveal a role of aromatic-aromatic interactions in antibacterial synergism.
著者: Ilyas, H. / Kim, J. / Lee, D. / Malmsten, M. / Bhunia, A.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VG16KRKP
B: Heparin cofactor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3692
ポリマ－5,3692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area3990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VG16KRKP


分子量: 1765.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Dengue virus (デング熱ウイルス)
#2: タンパク質・ペプチド Heparin cofactor 2 / KYE28


分子量: 3604.239 Da / 分子数: 1 / Fragment: helix D / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05546
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.3 uM 1H, natural abundance VG16KRKP, 0.3 uM 1H, natural abundance KYE28, 12 uM 1H, natural abundance 3:1 POPE/POPG vesicles, 55.55 M 1H, natural abundance water, 90% H2O/10% D2O
Label: VG16KRKP-KYE28 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 uMVG16KRKP1H, natural abundance1
0.3 uMKYE281H, natural abundance1
12 uM3:1 POPE/POPG vesicles1H, natural abundance1
55.55 Mwater1H, natural abundance1
試料状態イオン強度: 0.6 mM / Ionic strength err: 0.02 / Label: experiment1 / pH: 4.5 / PH err: 0.02 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.01

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz
詳細: equipped with 5 mm cryogenic cooled triple resonance probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.0.6Bruker Biospin解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
CYANAv2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAv2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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