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- PDB-7te6: Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7te6
タイトルCrystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody
要素
  • Fab5 heavy chain
  • Fab5 light chain
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab fragment complexed to the receptor / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / EPHB-mediated forward signaling / sensitization / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / dendritic branch ...cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / sensory organ development / EPHB-mediated forward signaling / sensitization / auditory behavior / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / dendritic branch / response to other organism / regulation of ARF protein signal transduction / fear response / apical dendrite / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / suckling behavior / response to methylmercury / response to manganese ion / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / cellular response to dsRNA / negative regulation of dendritic spine maintenance / cellular response to lipid / response to growth hormone / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / heterocyclic compound binding / NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of glutamate secretion / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / response to glycoside / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / response to zinc ion / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glycine binding / response to amine / receptor clustering / parallel fiber to Purkinje cell synapse / small molecule binding / regulation of cAMP/PKA signal transduction / startle response / monoatomic cation transmembrane transport / behavioral response to pain / response to magnesium ion / regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of MAPK cascade / associative learning / action potential / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / monoatomic cation transport / response to electrical stimulus / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / response to mechanical stimulus / long-term memory / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / behavioral fear response / synaptic cleft / multicellular organismal response to stress / neuron development / postsynaptic density, intracellular component / monoatomic cation channel activity / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / cell adhesion molecule binding / D2 dopamine receptor binding / regulation of long-term synaptic depression / glutamate-gated calcium ion channel activity / cellular response to manganese ion / presynaptic active zone membrane / response to cytokine / ionotropic glutamate receptor binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sodium ion transmembrane transport / cellular response to forskolin / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / synaptic membrane / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to cocaine / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / cellular response to amino acid stimulus / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / response to calcium ion / postsynaptic density membrane / beta-catenin binding / calcium ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.55 Å
データ登録者Regan, M. / Tajima, N. / Furukawa, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS111745 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Development and characterization of functional antibodies targeting NMDA receptors.
著者: Nami Tajima / Noriko Simorowski / Remy A Yovanno / Michael C Regan / Kevin Michalski / Ricardo Gómez / Albert Y Lau / Hiro Furukawa /
要旨: N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are critically involved in basic brain functions and neurodegeneration as well as tumor invasiveness. Targeting specific subtypes of NMDARs with distinct ...N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are critically involved in basic brain functions and neurodegeneration as well as tumor invasiveness. Targeting specific subtypes of NMDARs with distinct activities has been considered an effective therapeutic strategy for neurological disorders and diseases. However, complete elimination of off-target effects of small chemical compounds has been challenging and thus, there is a need to explore alternative strategies for targeting NMDAR subtypes. Here we report identification of a functional antibody that specifically targets the GluN1-GluN2B NMDAR subtype and allosterically down-regulates ion channel activity as assessed by electrophysiology. Through biochemical analysis, x-ray crystallography, single-particle electron cryomicroscopy, and molecular dynamics simulations, we show that this inhibitory antibody recognizes the amino terminal domain of the GluN2B subunit and increases the population of the non-active conformational state. The current study demonstrates that antibodies may serve as specific reagents to regulate NMDAR functions for basic research and therapeutic objectives.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
C: Fab5 heavy chain
D: Fab5 light chain
E: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
F: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
G: Fab5 heavy chain
H: Fab5 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,0008
ポリマ－264,0008
非ポリマー00
水00
1
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
C: Fab5 heavy chain
D: Fab5 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0004
ポリマ－132,0004
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
F: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
G: Fab5 heavy chain
H: Fab5 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0004
ポリマ－132,0004
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.922, 124.922, 407.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 42932.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: grin1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A1L8F5J9
#2: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / NMDAR2B / NR2B


分子量: 41367.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin2b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00960
#3: 抗体 Fab5 heavy chain


分子量: 23844.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab5 light chain


分子量: 23855.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.54→30 Å / Num. obs: 17965 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 4.54→4.66 Å / Num. unique obs: 1644 / CC1/2: 0.534

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5B3J & 3QEL

5b3j

3qel


解像度: 4.55→24.984 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3242 916 5.1 %
Rwork0.2816 17049 -
obs0.2838 17965 93.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.11 Å2 / Biso mean: 83.7583 Å2 / Biso min: 38.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.55→24.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17193 0 0 0 17193
残基数----2206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
4.5505-4.78880.42681070.33181772
4.7888-5.08650.37131180.3196216285
5.0865-5.47540.39311280.304246596
5.4754-6.01940.36071350.31432578100
6.0194-6.87450.32711370.30862595100
6.8745-8.6020.25191420.25332648100
8.602-24.9840.25841490.2269278499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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