PDB-3u27: Crystal structure of ethanolamine utilization protein EutL from L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u27

タイトル

Crystal structure of ethanolamine utilization protein EutL from Leptotrichia buccalis C-1013-b

要素

Microcompartments protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG / ALPHA-BETA-ALPHA fold / bacterial Microcompartment / SHELL PROTEIN / ETHANOLAMINE / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial microcompartment / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptotrichia buccalis C-1013-b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Wu, R. / Gu, M. / Kerfeld, C.A. / Salmeen, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ethanolamine utilization protein EutL from Leptotrichia buccalis C-1013-b
著者: Wu, R. / Gu, M. / Kerfeld, C.A. / Salmeen, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2011年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Other
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2012年9月12日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2020年1月29日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u27.cif.gz	506.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u27.ent.gz	416.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1v00-d 6oej-1 1h26-d 2f9r-d 1sxq-d 1i1f-d 4ecn-d 1q9w-3 1qat-d 4rt6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1021752500651555 Ethanolamine utilization protein [LebuDRAFT_4082970_C76]

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

C: Microcompartments protein

A: Microcompartments protein

B: Microcompartments protein

D: Microcompartments protein

E: Microcompartments protein

F: Microcompartments protein

ヘテロ分子

139 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Microcompartments protein

B: Microcompartments protein

ヘテロ分子

E: Microcompartments protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Microcompartments protein

D: Microcompartments protein

F: Microcompartments protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.854, 105.644, 101.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Microcompartments protein 分子量: 23022.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis C-1013-b (バクテリア) 株: DSM 1135 / 遺伝子: Lebu_0063 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 MAGIC / 参照: UniProt: C7NCS6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 4M Na Nitrate, 0.1M BistrisPropane 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42 Å / Num. all: 179843 / Num. obs: 176454 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.41 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.58
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / R_sym value: 0.667 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.852→34.417 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1818	8839	5.01 %
R_work	0.1572	-	-
obs	0.1584	176432	97.6 %
all	-	176440	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.032 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1602 Å²	0 Å²	0.6177 Å²
2-	-	5.6833 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.8435 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.852→34.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9539	0	61	1171	10771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	13447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.671	3527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1769

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8517-1.8728	0.2634	269	0.2504	5306	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8728-1.8948	0.283	282	0.2421	5507	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8948-1.9179	0.242	333	0.2156	5538	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9179-1.9422	0.2534	292	0.2147	5550	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9422-1.9677	0.2237	313	0.1945	5574	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9677-1.9947	0.1938	310	0.1716	5623	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9947-2.0232	0.199	311	0.1624	5562	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0232-2.0534	0.2117	286	0.1597	5585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0534-2.0854	0.1791	299	0.1598	5587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0854-2.1196	0.1905	292	0.1554	5656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1196-2.1562	0.1785	288	0.1583	5598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1562-2.1954	0.196	296	0.1572	5602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1954-2.2376	0.1742	293	0.1499	5609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2376-2.2833	0.1816	292	0.1474	5642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2833-2.3329	0.1777	291	0.1478	5673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3329-2.3871	0.1896	296	0.1563	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4468	0.1948	287	0.1576	5681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4468-2.513	0.1799	332	0.1528	5674	X-RAY DIFFRACTION	99
2.513-2.5869	0.1932	298	0.152	5668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5869-2.6704	0.1826	314	0.1568	5647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6704-2.7658	0.1874	311	0.1567	5648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7658-2.8764	0.1869	300	0.1547	5666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8764-3.0073	0.176	307	0.1472	5602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0073-3.1657	0.1691	302	0.1545	5564	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1657-3.3639	0.1681	267	0.1518	5558	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3639-3.6234	0.1916	272	0.1492	5546	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6234-3.9875	0.1575	279	0.1396	5516	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9875-4.5634	0.1466	283	0.1296	5498	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5634-5.7451	0.149	273	0.1392	5476	X-RAY DIFFRACTION	95
5.7451-34.4232	0.1927	271	0.1952	5528	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5069	0.0177	-0.1531	0.5353	-0.3483	0.8694	0.0167	-0.0264	-0.0169	-0.0644	-0.0372	-0.0251	0.0771	0.1228	-0	0.1256	0.0091	0.0099	0.1296	-0.0032	0.1242	22.2402	12.2445	-28.7537
2	1.036	-0.4144	0.5232	0.6671	-0.271	0.4606	0.0318	0.0206	-0.1127	-0.0179	0.0319	0.0361	0.0475	0.0482	0.0014	0.1191	0.0162	0.0077	0.1157	0.0023	0.1309	52.7797	-17.8325	31.6495
3	0.5154	-0.0024	0.1821	0.6436	0.3357	0.8578	0.0082	-0.0113	0.0095	-0.0524	-0.0356	0.0086	-0.0799	-0.1211	-0.0008	0.0583	0.0094	-0.0034	0.0646	0.0052	0.0534	28.1911	0.2328	22.1095
4	1.0241	-0.3644	-0.4372	0.6036	0.1847	0.4865	0.0466	0.0085	0.1285	-0.0183	0.034	-0.0269	-0.0569	-0.0559	0.0035	0.127	0.0171	-0.0036	0.1188	-0.0057	0.1399	-2.1665	30.2662	-19.3703
5	0.551	-0.4212	-0.2915	0.7872	0.3968	0.4882	-0.0571	-0.1505	0.0833	0.0835	0.0985	-0.0774	-0.0006	0.0636	0.01	0.1258	0.0101	-0.0055	0.1545	-0.0396	0.1189	45.2436	8.2014	-53.6502
6	0.551	-0.5079	0.392	0.8383	-0.3689	0.5668	-0.0661	-0.1345	-0.0776	0.0873	0.0949	0.078	0.0118	-0.0562	0.0026	0.1347	0.0057	0.0092	0.1552	0.0403	0.1338	5.5418	4.0673	-2.8749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A resid 1:217	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B resid 1:217	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C resid 1:217	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D resid 1:217	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E resid 1:217	E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F resid 1:217	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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