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- PDB-7nx2: Unbound antigen-binding fragment (FAb) 324 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nx2
タイトルUnbound antigen-binding fragment (FAb) 324
要素
  • FAb 324 Heavy Chain
  • FAb 324 Light Chain
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者De Munck, S. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors.
著者: De Munck, S. / Provost, M. / Kurikawa, M. / Omori, I. / Mukohyama, J. / Felix, J. / Bloch, Y. / Abdel-Wahab, O. / Bazan, J.F. / Yoshimi, A. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAb 324 Light Chain
B: FAb 324 Heavy Chain
C: FAb 324 Light Chain
D: FAb 324 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,54211
ポリマ－96,8694
非ポリマー6727
水14,394799
1
A: FAb 324 Light Chain
B: FAb 324 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9157
ポリマ－48,4352
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
2
C: FAb 324 Light Chain
D: FAb 324 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6274
ポリマ－48,4352
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.240, 87.090, 126.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 216))AA1 - 1971 - 197
121GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 216))AA199 - 201199 - 201
131PROPROASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 216))AA208 - 216208 - 216
241ASPASPTHRTHR(chain 'C' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 201 or resid 208 through 216))CC1 - 1971 - 197
251GLUGLUTHRTHR(chain 'C' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 201 or resid 208 through 216))CC199 - 201199 - 201
261PROPROASNASN(chain 'C' and (resid 1 through 197 or resid 199 through 201 or resid 208 through 216))CC208 - 216208 - 216
172GLNGLNPHEPHE(chain 'B' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))BB0 - 281 - 29
182TYRTYRARGARG(chain 'B' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))BB31 - 9932 - 100
192TYRTYRSERSER(chain 'B' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))BB103 - 135104 - 136
1102SERSERARGARG(chain 'B' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))BB141 - 220142 - 221
2112GLNGLNPHEPHE(chain 'D' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))DD0 - 281 - 29
2122TYRTYRARGARG(chain 'D' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))DD31 - 9932 - 100
2132TYRTYRSERSER(chain 'D' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))DD103 - 135104 - 136
2142SERSERARGARG(chain 'D' and (resid 0 through 28 or resid 31 through 100 or resid 103 through 220))DD141 - 220142 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 FAb 324 Light Chain


分子量: 23918.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 FAb 324 Heavy Chain


分子量: 24516.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5M (NH4)2SO4 40 mM Glycine pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→71.76 Å / Num. obs: 147145 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 16.19 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 17.32
反射 シェル解像度: 1.47→1.56 Å / Num. unique obs: 19382 / CC1/2: 0.42 / Rrim(I) all: 0.39 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NUZ

5nuz


解像度: 1.47→43.55 Å / SU ML: 0.1417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1827 1.24 %RANDOM
Rwork0.1679 145099 --
obs0.1684 146926 96.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 35 799 7363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00796754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02499196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08681009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.23292394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.510.30171070.24048182X-RAY DIFFRACTION71.26
1.51-1.550.24741110.20839848X-RAY DIFFRACTION85.49
1.55-1.60.21911520.18811388X-RAY DIFFRACTION99.41
1.6-1.660.2381400.178111474X-RAY DIFFRACTION99.79
1.66-1.730.21191380.172511499X-RAY DIFFRACTION99.39
1.73-1.810.21821480.162711420X-RAY DIFFRACTION99.01
1.81-1.90.19241550.154811503X-RAY DIFFRACTION99.85
1.9-2.020.22531310.154311562X-RAY DIFFRACTION99.7
2.02-2.180.19981410.151311396X-RAY DIFFRACTION98.45
2.18-2.40.21441550.156111586X-RAY DIFFRACTION99.82
2.4-2.740.17041460.16811577X-RAY DIFFRACTION99.2
2.74-3.460.17751510.168311703X-RAY DIFFRACTION99.75
3.46-43.550.22411520.172511961X-RAY DIFFRACTION98.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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