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- PDB-7nwz: ALK:ALKAL2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwz
タイトルALK:ALKAL2 complex
要素
  • ALK and LTK ligand 2
  • ALK tyrosine kinase receptor
キーワードPROTEIN BINDING / Cell Surface Receptor Cytokine binding Cytokine receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ERK5 cascade / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...positive regulation of ERK5 cascade / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / adult behavior / Signaling by ALK / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / energy homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cytokine activity / hippocampus development / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of neuron projection development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / heparin binding / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / phosphorylation / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ALK and LTK ligand 1/2 / ALK and LTK ligand 1/2 / Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...ALK and LTK ligand 1/2 / ALK and LTK ligand 1/2 / Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALK and LTK ligand 2 / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者De Munck, S. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors.
著者: De Munck, S. / Provost, M. / Kurikawa, M. / Omori, I. / Mukohyama, J. / Felix, J. / Bloch, Y. / Abdel-Wahab, O. / Bazan, J.F. / Yoshimi, A. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: ALK and LTK ligand 2
F: ALK tyrosine kinase receptor
E: ALK tyrosine kinase receptor
B: ALK tyrosine kinase receptor
A: ALK tyrosine kinase receptor
C: ALK and LTK ligand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,87512
ポリマ－161,5476
非ポリマー1,3276
水00
1
D: ALK and LTK ligand 2
F: ALK tyrosine kinase receptor
E: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2165
ポリマ－80,7743
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
2
B: ALK tyrosine kinase receptor
A: ALK tyrosine kinase receptor
C: ALK and LTK ligand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6587
ポリマ－80,7743
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.910, 97.910, 356.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
13
23
33

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A684 - 706
121(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A708 - 716
131(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A718 - 751
141(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A753 - 855
151(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A857 - 981
161(chain 'A' and (resid 684 through 706 or resid 708...A983
271(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B684 - 706
281(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B708 - 716
291(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B718 - 751
2101(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B753 - 855
2111(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B857 - 981
2121(chain 'B' and (resid 684 through 706 or resid 708...B983
3131(chain 'E' and (resid 684 through 706 or resid 708...E684 - 706
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3181(chain 'E' and (resid 684 through 706 or resid 708...E983
4191(chain 'F' and (resid 684 through 706 or resid 708...F684 - 706
4201(chain 'F' and (resid 684 through 706 or resid 708...F708 - 716
4211(chain 'F' and (resid 684 through 706 or resid 708...F718 - 751
4221(chain 'F' and (resid 684 through 706 or resid 708...F753 - 855
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4241(chain 'F' and (resid 684 through 706 or resid 708...F983
1252(chain 'C' and resid 93 through 149)C93 - 149
2262(chain 'D' and resid 93 through 149)D93 - 149
1273chain 'G'G1
2283chain 'H'H1
3293chain 'J'J1

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 ALK and LTK ligand 2 / Augmentor alpha / AUG-alpha / Protein FAM150B


分子量: 9567.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKAL2, FAM150B, UNQ542/PRO1097 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UX46
#2: タンパク質
ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 35603.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 15% w/v PEG 6000 5% w/v MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.17→48.96 Å / Num. obs: 13681 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 101.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 4.17→4.32 Å / Num. unique obs: 942 / CC1/2: 0.89 / Rrim(I) all: 1.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NX4

7nx4


解像度: 4.17→48.96 Å / SU ML: 0.5339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1082
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 897 6.95 %
Rwork0.2552 12006 -
obs0.2561 12903 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 163.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.17→48.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9754 0 84 0 9838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002210062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.482213608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04521410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.90373538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.17-4.430.31481110.29781571X-RAY DIFFRACTION75.43
4.43-4.770.27781370.28291842X-RAY DIFFRACTION88.9
4.77-5.250.29771550.27222045X-RAY DIFFRACTION98.48
5.25-6.010.31091600.27612108X-RAY DIFFRACTION99.96
6.01-7.570.27631620.26422158X-RAY DIFFRACTION100
7.57-48.960.21951720.21472282X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.060386901971.033233724060.4638616865911.002943301630.4518878813430.202982575769-0.0614371150969-0.469024072028-0.2169301637510.374609345090.6166286806140.9972846298360.111071195526-1.38854916908-0.4212787126421.16161460718-0.4346336562730.007268212124983.35200997510.6561018591191.4993255184811.7379132552-22.59203928332.8561369695
21.8877141547-1.62082664072-0.2865551893524.04168156851.646103021792.056986542390.290181382949-0.51317061543-0.600318395892-1.17711448340.1004178658050.549862286839-0.403979489176-0.667277079626-0.3818409028931.17682258796-0.569697901635-0.1090886024091.581851479320.2745400062111.1222252849731.0770155753-18.031254151312.2351968684
30.892710124036-0.00388505415817-1.141357508462.331309922941.144873821292.91386588553-0.595908811738-0.096588144483-1.4378045353-1.06079888460.72723880347-0.123551087221-0.1262174434-0.9179472214070.01769851714541.53079398514-0.952388084513-0.2068099827912.243133910050.349432382262.5766082432711.707557739-39.545812186315.4809399024
42.020125674770.797208101486-0.4552560923262.157619942510.02488245866131.01581597662-0.03831839648020.554877585617-0.0319916749373-0.2110153570320.2669320623660.06618820650580.4598595953540.232308242786-0.1939270263831.146231113940.9475895372360.1326234591451.474129918680.09545153314291.1044935717918.5831533878-6.9542396386566.2347154109
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60.7620374415930.0973453513551-0.6821105815842.099237425380.117434687332.292407770290.4941316494010.2577200185510.702201308210.1267174921090.4510493588110.52675264991-0.995878847698-0.0637229481147-0.8466460585631.898495507020.6967437913580.2020904138491.268507544380.03263883235061.4949548846818.268690192321.483664225865.3682542965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D92 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2F679 - 985
3X-RAY DIFFRACTION3E679 - 985
4X-RAY DIFFRACTION4B678 - 986
5X-RAY DIFFRACTION5A678 - 986
6X-RAY DIFFRACTION6C92 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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