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- PDB-7lhz: K. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lhz
タイトルK. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA and (3S)-10-[(3R)-3-(1-aminocyclopropyl)pyrrolidin-1-yl]-9-fluoro-3-methyl-5-oxo-2,3-dihydro-5H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid (compound 25)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
キーワードISOMERASE/DNA/INHIBITOR / Gyrase / DNA topoisomerase / ParC / ParE / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII ...DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y21 / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit B / :
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Noeske, J. / Shu, W. / Bellamacina, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Optimization of DNA Gyrase and Topoisomerase IV Inhibitors with Potent Activity against Fluoroquinolone-Resistant Gram-Positive Bacteria.
著者: Lapointe, G. / Skepper, C.K. / Holder, L.M. / Armstrong, D. / Bellamacina, C. / Blais, J. / Bussiere, D. / Bian, J. / Cepura, C. / Chan, H. / Dean, C.R. / De Pascale, G. / Dhumale, B. / ...著者: Lapointe, G. / Skepper, C.K. / Holder, L.M. / Armstrong, D. / Bellamacina, C. / Blais, J. / Bussiere, D. / Bian, J. / Cepura, C. / Chan, H. / Dean, C.R. / De Pascale, G. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / Fulsunder, M. / Kantariya, B. / Kim, J. / King, S. / Kossy, L. / Kulkarni, U. / Lakshman, J. / Leeds, J.A. / Ling, X. / Lvov, A. / Ma, S. / Malekar, S. / McKenney, D. / Mergo, W. / Metzger, L. / Mhaske, K. / Moser, H.E. / Mostafavi, M. / Namballa, S. / Noeske, J. / Osborne, C. / Patel, A. / Patel, D. / Patel, T. / Piechon, P. / Polyakov, V. / Prajapati, K. / Prosen, K.R. / Reck, F. / Richie, D.L. / Sanderson, M.R. / Satasia, S. / Savani, B. / Selvarajah, J. / Sethuraman, V. / Shu, W. / Tashiro, K. / Thompson, K.V. / Vaarla, K. / Vala, L. / Veselkov, D.A. / Vo, J. / Vora, B. / Wagner, T. / Wedel, L. / Williams, S.L. / Yendluri, S. / Yue, Q. / Yifru, A. / Zhang, Y. / Rivkin, A.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
D: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
A: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
B: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
P: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,44222
ポリマ－368,55912
非ポリマー1,88310
水724
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
B: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
G: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,22111
ポリマ－184,2796
非ポリマー9425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13670 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area62330 Å2
手法PISA
2
C: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
D: DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera
P: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,22111
ポリマ－184,2796
非ポリマー9425
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area65110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.185, 159.818, 144.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit B, DNA topoisomerase 4 subunit A chimera / Topoisomerase IV subunit B / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 84199.500 Da / 分子数: 4
断片: UNP residues 390-631 (parE) + UNP residues 1-490 (parC)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)
株: 342 / 遺伝子: parE, NCTC5052_03997, parC, SAMEA4873570_03328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Y395, UniProt: A0A486EJ79, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 PJHEKIGF

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 3354.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 4586.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-Y21 / (3S)-10-[(3R)-3-(1-aminocyclopropyl)pyrrolidin-1-yl]-9-fluoro-3-methyl-5-oxo-2,3-dihydro-5H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid


分子量: 387.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H22FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 20% MPD, 10 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermine, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→54.91 Å / Num. obs: 63836 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible all
3.3-3.353.21.7680.530460.31295.3
8.94-54.913.50.06411.532830.992100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5EIX

5eix


解像度: 3.3→46.92 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3083 3287 5.17 %
Rwork0.2826 60317 -
obs0.2839 63604 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.3 Å2 / Biso mean: 83.2138 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19019 1870 160 4 21053
Biso mean--75.57 56.21 -
残基数----2820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.350.44921650.37932463262895
3.35-3.40.38951250.37132603272899
3.4-3.460.37231520.366426272779100
3.46-3.520.40911310.36412635276699
3.52-3.580.37171420.348726222764100
3.58-3.650.30441300.32142647277799
3.65-3.720.34031360.322225952731100
3.72-3.80.37241500.317726422792100
3.8-3.890.32581340.303426012735100
3.89-3.990.31831610.296426192780100
3.99-4.10.33171570.297626182775100
4.1-4.220.30381730.285925872760100
4.22-4.350.29491590.282225942753100
4.35-4.510.26641590.267926232782100
4.51-4.690.28931440.255926282772100
4.69-4.90.24041310.254126272758100
4.9-5.160.31071450.272626512796100
5.16-5.480.31431130.281926562769100
5.48-5.910.28051210.292726672788100
5.91-6.50.36571390.294626342773100
6.5-7.440.31631570.297326342791100
7.44-9.360.28091380.224226652803100
9.36-46.920.24061250.22592679280498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99090.14820.3880.3440.67183.14590.2728-1.034-1.19210.92330.1594-1.19530.8094-0.0331-0.39741.0713-0.0461-0.62270.78590.13481.5265146.1108-46.0591151.3759
24.79612.64240.34054.0576-1.4380.999-0.87481.1240.5897-0.25510.6191-0.2802-0.09890.43830.34460.8167-0.104-0.1650.80340.0240.7389121.1564-51.202137.2359
31.4061-1.0436-1.42171.3583-0.62554.98710.27580.7328-0.2465-0.29220.45660.04231.0456-0.3469-0.72030.7074-0.0415-0.39720.7395-0.15711.5463145.5521-47.7021134.948
42.82460.55740.85992.7886-0.54.292-0.0382-0.0514-0.2173-0.19850.29720.0980.0497-0.1415-0.25210.3416-0.0016-0.08430.4801-0.11730.4927133.0316-17.5994128.8517
52.48872.67251.42986.1833.36343.73520.05950.49210.0130.88720.3178-0.01250.30680.4655-0.36510.4618-0.0317-0.01190.491-0.09570.5526150.8366-0.5526139.8792
68.66361.96592.94470.78220.79751.6349-0.37991.0357-0.277-0.13880.3823-0.074-0.30250.3209-0.00780.7587-0.1197-0.24890.55550.07890.5467108.5523-19.9589109.0881
71.75941.7511-0.55594.6905-0.67914.75780.6978-1.53960.77980.753-0.3872-0.1368-0.29740.0332-0.32220.7193-0.19510.03771.3401-0.26340.7683122.4644-4.3641169.014
82.25670.9233-0.80321.8465-0.09143.81730.0918-1.2358-0.30950.151-0.1778-0.15510.52910.00020.08550.5892-0.1532-0.13851.06150.31630.6512105.2679-34.0362159.6627
91.51660.49220.07481.0231-0.42292.67850.1224-0.9032-0.46940.2486-0.1907-0.22320.47-0.07170.00640.6692-0.0028-0.12520.86310.3170.63594.7794-37.3787152.9539
103.14590.05110.80652.605-1.43062.0836-0.23690.66020.5193-1.0772-0.05220.4715-1.0185-1.05920.21111.40040.1838-0.23660.82750.02860.611888.4862-37.350152.9877
112.6231-0.5394-2.21111.22811.27782.2397-0.315-0.00520.5372-0.37020.3651-0.1964-0.6563-0.0048-0.07121.43940.0747-0.0530.6120.01840.645196.4299-34.334369.5397
122.38280.0771-0.1481.7653-0.71893.8391-0.1605-0.07680.09680.20390.37640.0973-0.5522-0.6203-0.22270.53480.0612-0.01910.4892-0.03490.348699.4387-62.740977.0405
133.17612.89212.87615.39175.10327.43850.30430.1195-0.4610.07320.1295-0.35040.420.2637-0.43610.43580.0439-0.07220.4244-0.07270.4381108.168-79.998158.8393
141.3349-0.0601-1.79630.160.94718.25080.2141-0.168-0.1118-0.01250.0456-0.0031-0.54790.2732-0.31710.69240.1187-0.1230.40430.00530.4667107.4297-63.1206106.6699
153.5472-0.1402-0.2721.77830.39893.2635-0.50390.4845-0.2212-0.1678-0.01260.15860.0777-0.87950.50240.67710.0985-0.03971.0691-0.03660.643962.2798-64.296873.3644
161.49520.18171.01250.41220.04651.6399-0.2230.12360.3241-0.1158-0.13750.2164-0.5709-0.90690.41950.86940.4546-0.15321.235-0.04670.797262.7418-50.8155102.3269
176.77562.6976-5.80870.9774-2.28674.9625-0.5457-2.5506-0.1911-0.18030.1272-0.9145-0.28611.13340.43840.6576-0.0491-0.30360.766-0.09630.9373148.5314-22.3512141.5119
183.6589-2.5791-5.02164.20943.39217.8330.2892-1.9404-0.66251.1356-0.0329-0.53711.4273-0.0072-0.23461.1005-0.4962-0.35971.96440.21691.0012122.9671-28.9709174.3324
193.19750.6673-2.03540.1992-0.56931.76820.4553-0.1717-0.00260.3182-0.3156-0.0266-1.03140.0724-0.15760.6886-0.0507-0.2140.6323-0.21540.8799147.6688-22.0195143.7547
200.2644-0.3559-0.46580.65330.77491.0676-0.3802-1.5077-0.10311.4561-0.0373-0.7957-0.13490.80650.25520.7265-0.5864-1.0712.86350.25310.2925120.0281-27.73175.1792
219.06192.1892.0842.0679-0.96621.84220.05940.2702-1.46890.0359-0.1127-0.31350.2579-0.41950.03851.0644-0.12450.12680.6357-0.07870.629196.3397-60.285556.4075
224.45061.07334.58854.66511.35329.7311-0.10462.6193-0.0184-1.66780.43280.3723-0.0709-0.1657-0.31461.0141-0.0386-0.05591.81590.08820.661558.9406-55.834165.6954
234.35314.0244-1.39136.16751.32353.3876-0.71460.93560.4473-0.73880.2610.6501-0.8463-1.87320.39070.95920.1539-0.15751.7943-0.13820.819659.8899-56.086562.6779
248.2873-0.72672.58238.2119-0.04150.79410.10752.1027-0.291-1.41620.4003-0.7244-0.4101-1.0437-0.53031.0288-0.0477-0.01620.8483-0.0150.51598.603-60.784357.0666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 400 through 523 )A400 - 523
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 524 through 571 )A524 - 571
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 572 through 1011 )A572 - 1011
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1012 through 1242 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1243 through 1342 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1343 through 1484 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 399 through 1028 )B399 - 1028
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1029 through 1234 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1235 through 1480 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 401 through 523 )C401 - 523
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 524 through 1009 )C524 - 1009
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1010 through 1197 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1198 through 1342 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1343 through 1483 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 399 through 1234 )D399 - 1234
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1235 through 1483 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 402 through 411 )E402 - 411
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 512 through 526 )F512 - 526
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 712 through 725 )G712 - 725
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 602 through 611 )H602 - 611
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 312 through 324 )I312 - 324
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 204 through 211 )J204 - 211
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and (resid 112 through 124 )K112 - 124
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'P' and (resid 3 through 11 )P3 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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