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- PDB-7lgx: The aminoacrylate form of mutant beta-K167T Salmonella typhimuriu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lgx | ||||||
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Title | The aminoacrylate form of mutant beta-K167T Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, benzimidazole (BZI) at the enzyme beta site and cesium ion at the metal coordination site at 1.80 Angstrom resolution | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE/LYASE INHIBITOR / Inhibitor / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The aminoacrylate form of mutant beta-K167T Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at ...Title: The aminoacrylate form of mutant beta-K167T Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase in complex with with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, benzimidazole (BZI) at the enzyme beta site and cesium ion at the metal coordination site at 1.80 Angstrom resolution. Authors: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 277.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 220 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4hpxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: trpA, STM1727 / Plasmid: pEBA-10 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 42890.805 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K167T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: trpB, STM1726 / Plasmid: pEBA-10 / Details (production host): K167T / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 9 types, 442 molecules ![](data/chem/img/F9F.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BZI.gif)
![](data/chem/img/0JO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BZI.gif)
![](data/chem/img/0JO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-F9F / | ||||||||||||||
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#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-0JO / | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-PEG / | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.27 % / Description: large plate-like crystal |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 6 mM spermine, pH 7.6 PH range: 7.60-8.00 / Temp details: constant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.797→91.341 Å / Num. obs: 67106 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.537
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 66455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HPX Resolution: 1.8→39.31 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.44 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.86 Å2 / Biso mean: 44.2913 Å2 / Biso min: 13.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→39.31 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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