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- PDB-7lf4: Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lf4
タイトルStructure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs
要素
  • Importin subunit alpha-3
  • Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
  • Transcription factor p65
キーワードPROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR IMPORT / IMPORTIN ALPHA 3 / NLS / NF-kB / p50 / p65
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / cellular response to interleukin-17 ...negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / dopamine secretion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of Schwann cell differentiation / positive regulation of lipid storage / cellular response to peptidoglycan / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of immune response proteins / CLEC7A/inflammasome pathway / NLS-dependent protein nuclear import complex / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / cellular response to dsRNA / postsynapse to nucleus signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / cellular response to angiotensin / NF-kappaB complex / response to UV-B / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Regulation of NFE2L2 gene expression / interleukin-1-mediated signaling pathway / vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of protein metabolic process / nuclear import signal receptor activity / toll-like receptor 4 signaling pathway / nuclear localization sequence binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of miRNA metabolic process / response to cobalamin / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphate ion binding / cellular response to lipoteichoic acid / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / The NLRP3 inflammasome / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / NF-kappaB binding / hair follicle development / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to amino acid / cellular response to interleukin-1 / cellular defense response / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / nuclear pore / JNK cascade / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to interleukin-1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / negative regulation of angiogenesis / : / negative regulation of miRNA transcription / liver development / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to cytokine / positive regulation of interleukin-8 production / response to ischemia / response to progesterone / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / peptide binding / B cell receptor signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain ...: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-3 / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122844 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD023479 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Differential recognition of canonical NF-kappa B dimers by Importin alpha 3.
著者: Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Yeggoni, D.P. / Sankhala, R.S. / Ott, C.A. / Gillilan, R.E. / Cingolani, G.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-3
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
C: Importin subunit alpha-3
D: Transcription factor p65
F: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
E: Transcription factor p65


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,2446
ポリマ－125,2446
非ポリマー00
水00
1
A: Importin subunit alpha-3
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
E: Transcription factor p65


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6223
ポリマ－62,6223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Importin subunit alpha-3
D: Transcription factor p65
F: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6223
ポリマ－62,6223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.130, 117.130, 210.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))
21(chain C and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))
12chain B
22chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERVALVAL(chain A and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))AA72 - 17372 - 173
121GLUGLUSERSER(chain A and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))AA175 - 487175 - 487
211SERSERVALVAL(chain C and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))CC72 - 17372 - 173
221GLUGLUSERSER(chain C and (resid 72 through 173 or resid 175 through 487))CC175 - 487175 - 487
112GLUGLUPROPROchain BBB433 - 4434 - 14
212GLUGLUPROPROchain FFE433 - 4434 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-3 / Importin alpha Q1 / Qip1 / Karyopherin subunit alpha-4


分子量: 57941.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA4, QIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00629
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP-1 / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1


分子量: 1790.114 Da / 分子数: 2
Fragment: Nuclear localization signal motif, residues 355-368
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19838
#3: タンパク質・ペプチド Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 2890.410 Da / 分子数: 2
Fragment: Nuclear localization signal motif, residues 294-315
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 34874 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.82→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1835 / CC1/2: 0.287 / Rpim(I) all: 0.712 / Rsym value: 0.853

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TBK

5tbk


解像度: 2.85→14.98 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.15 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 1277 4.93 %
Rwork0.1966 24600 -
obs0.1987 25877 65.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 247.12 Å2 / Biso mean: 92.0714 Å2 / Biso min: 33.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6853 0 0 0 6853
残基数----881
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2496X-RAY DIFFRACTION4.654TORSIONAL
12C2496X-RAY DIFFRACTION4.654TORSIONAL
21B64X-RAY DIFFRACTION4.654TORSIONAL
22F64X-RAY DIFFRACTION4.654TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-2.960.3213400.3645986102624
2.96-3.10.383630.33481225128830
3.1-3.260.34331010.30911820192144
3.26-3.460.34351380.29832549268762
3.46-3.720.31651550.25723108326376
3.72-4.090.27531890.2153621381087
4.09-4.670.20041990.17753755395490
4.67-5.820.23471950.1853799399490
5.82-14.980.16731970.13013737393486
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74160.68230.87852.29640.29191.9012-0.106-0.26740.10140.5919-0.06270.9040.0444-0.41420.12820.93440.50670.04260.4103-0.16920.811340.08055.4335-37.5834
20.7123-0.7726-0.04471.22130.00950.2637-0.1327-0.1180.16020.12990.06960.0398-0.04790.00380.02140.78720.5391-0.18670.1241-0.14210.50159.8829-11.6951-45.6745
30.4039-0.2243-0.24520.6927-0.28260.9179-0.143-0.0666-0.4008-0.1412-0.07650.0750.7650.23940.00331.14920.6247-0.13930.44940.02590.564268.349-41.3105-40.316
40.22140.40590.11940.8266-0.01491.03880.01680.2655-0.2436-0.1207-0.04220.0140.1278-0.1325-0.00222.0022-0.1228-0.13320.89850.07521.373660.4111-61.2837-39.6364
53.8514-0.07150.36121.2401-0.66742.1166-0.1424-0.1142-0.25210.57930.099-0.10760.30440.16830.01711.12110.42650.03720.57930.08920.896150.1523-7.6381-32.9941
61.051-0.7598-0.39780.65440.35420.4125-0.17710.5466-0.357-0.33780.2328-0.89320.4131.3273-0.01710.95770.42930.13941.8078-0.09230.987691.5612-35.1345-75.8328
72.2689-0.23660.57431.89970.38252.6415-0.50090.0677-0.2269-0.37990.10870.25730.1349-0.57770.36760.7679-0.06840.03010.3652-0.01660.410548.6436-26.6932-78.238
80.56820.74471.1211.8141.47472.2124-0.2408-0.6063-0.48680.71420.02920.72840.6604-0.58430.22510.783-0.099-0.06150.9160.00520.720548.2082-32.3551-68.876
90.523-0.6448-0.50021.20570.63580.53140.0175-0.2489-0.27430.3-0.0472-0.11490.34390.18220.02661.4621-0.00120.08441.24480.07631.589157.756-36.3948-77.2989
100.7295-0.35311.16313.4908-0.68991.8588-0.24050.3829-0.2625-0.50240.0258-0.35370.12940.42450.21161.19990.14470.35621.5284-0.23821.151182.4846-34.3888-84.4848
114.26460.7692-0.80262.0284-2.0842.15050.19820.4853-0.4522-0.31-0.16110.31370.3949-0.5059-0.021.19690.2182-0.12320.82880.01740.673856.3737-36.0993-46.262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 170 )A72 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 313 )A171 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 441 )A314 - 441
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 442 through 487 )A442 - 487
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 433 through 443 )B433 - 443
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 72 through 236 )C72 - 236
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 237 through 487 )C237 - 487
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 290 through 297 )D290 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 298 through 303 )D298 - 303
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 433 through 443 )F433 - 443
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 291 through 303 )E291 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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