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- PDB-7l9k: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9k
タイトルCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to LRRK2-IN-1
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードGENE REGULATION / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4K4 / 1,4-BUTANEDIOL / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Karim, M.R. / Bikowitz, M.J. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5536
ポリマ－26,7512
非ポリマー1,8024
水3,477193
1
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6074
ポリマ－13,3751
非ポリマー1,2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9462
ポリマ－13,3751
非ポリマー5711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.400, 72.530, 52.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...
21(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA347 - 3576 - 16
12GLUGLUSERSER(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA359 - 36218 - 21
13GLYGLYASPASP(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA344 - 4553 - 114
14HISHISASNASN(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA392 - 40551 - 64
15ASPASPALAALA(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA407 - 45166 - 110
16METMETASPASP(chain A and (resid 347 through 357 or resid 359...AA453 - 455112 - 114
21SERSERLEULEU(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB347 - 3576 - 16
22GLUGLUSERSER(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB359 - 36218 - 21
23SERSERASPASP(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB347 - 4556 - 114
24HISHISASNASN(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB392 - 40551 - 64
25ASPASPALAALA(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB407 - 45166 - 110
26METMETASPASP(chain B and (resid 347 through 357 or resid 359...BB453 - 455112 - 114

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13375.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-4K4 / 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one / LRRK2-IN-1


分子量: 570.685 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C31H38N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.02 Å / Num. obs: 17720 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.781 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 13.88 / Num. measured all: 66998 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-23.7830.4253.44695132712410.9220.49493.5
2-2.063.8090.3144.614815134912640.9380.36593.7
2.06-2.123.8180.2286.214647129012170.9670.26594.3
2.12-2.183.790.1936.944472124711800.9760.22594.6
2.18-2.253.8120.1787.664441121711650.9790.20795.7
2.25-2.333.7880.1588.354239118311190.9860.18494.6
2.33-2.423.7750.1349.464164116411030.9880.15694.8
2.42-2.523.8290.1229.523902107010190.9910.14295.2
2.52-2.633.7930.10511.473899107010280.9910.12296.1
2.63-2.763.810.08413.3436929999690.9940.09897
2.76-2.913.8340.07315.5135169499170.9960.08496.6
2.91-3.083.8070.0617.7833359058760.9970.0796.8
3.08-3.33.8190.04821.332128758410.9980.05596.1
3.3-3.563.7970.04125.2229207857690.9980.04798
3.56-3.93.7090.04128.5626307277090.9980.04897.5
3.9-4.363.6980.03529.7624336776580.9980.04197.2
4.36-5.033.7120.03530.9520865785620.9970.04197.2
5.03-6.173.7010.03629.6718435094980.9980.04297.8
6.17-8.723.6410.03529.6813983973840.9980.04196.7
8.72-42.023.2790.03532.146592242010.9970.04289.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4085精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L9G

7l9g


解像度: 1.95→42.02 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 1064 6.01 %
Rwork0.1881 16652 -
obs0.1903 17716 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.18 Å2 / Biso mean: 29.5677 Å2 / Biso min: 14.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→42.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 132 193 2131
Biso mean--44.58 32.7 -
残基数----221
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A596X-RAY DIFFRACTION0.362TORSIONAL
12B596X-RAY DIFFRACTION0.362TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.040.3011290.24512012214194
2.04-2.150.21511300.18942032216295
2.15-2.280.24011320.1872071220395
2.28-2.460.22251300.22044217496
2.46-2.70.27291340.19742099223396
2.7-3.090.24221350.19652111224697
3.1-3.90.2071350.17022122225798
3.9-42.020.20121390.18082161230097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58921.18111.59714.26021.334.5023-0.09490.0841-0.1923-0.17850.18070.0201-0.0319-0.0398-0.15180.2099-0.00820.09570.08660.03760.20459.6084-13.150220.771
21.9272-0.0448-0.22432.58111.38950.9628-0.1066-0.17450.04760.50640.0160.3505-0.0557-0.09530.05970.33830.03060.10420.12720.00340.23293.70036.180727.361
34.08833.10142.43923.32140.71452.90150.23910.13720.08710.51160.00490.83420.2909-0.5886-0.05990.2834-0.03310.08870.26370.02630.3565-0.5102-9.50922.3881
42.2135-0.17020.34543.07710.81873.6038-0.0044-0.0489-0.1408-0.2010.0741-0.1925-0.1157-0.2322-0.07220.22630.00590.08520.10840.01360.17036.7966-1.236517.5012
52.3183-0.663-0.83073.91380.96422.383-0.09450.0726-0.1754-0.1609-0.0365-0.15210.2502-0.02110.10140.2428-0.00790.09130.10890.02860.193815.6645-7.619716.2222
61.9313-0.19050.10023.67070.09670.5527-0.03640.1810.0579-0.2830.1265-0.1234-0.1281-0.054-0.05280.2774-0.02030.10310.13960.01470.160321.1198-0.19160.1088
73.029-2.44711.03252.5598-2.56186.45460.31641.02840.4105-1.0375-0.3746-0.35220.0199-0.2347-0.11090.41470.00160.01570.30170.04540.220915.84535.3706-5.624
80.14430.24840.10543.2125-2.70414.75330.03011.32890.3219-0.3316-0.24680.6267-0.118-0.34730.14390.27140.0325-0.11140.51140.00320.47717.44177.2507-4.8713
91.98350.1429-0.45572.99590.35492.5873-0.0826-0.00610.03920.24730.0687-0.0202-0.0325-0.0525-0.05860.2456-0.02130.07530.09880.00780.155917.9028-1.20318.3503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 344 through 372 )A344 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 373 through 395 )A373 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 396 through 404 )A396 - 404
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 405 through 433 )A405 - 433
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 434 through 455 )A434 - 455
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 347 through 395 )B347 - 395
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 396 through 404 )B396 - 404
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 405 through 410 )B405 - 410
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 411 through 455 )B411 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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