[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7laj: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7laj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to Ro3280 | ||||||
Components | Bromodomain-containing protein 2BRD2 | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.854 Å | ||||||
Authors | Karim, M.R. / Bikowitz, M. / Chan, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors. Authors: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7laj.cif.gz | 74.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7laj.ent.gz | 52.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7laj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7laj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7laj | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gC 7k6hC 7ko0C 7l6dC 7l72C 7l73C 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahSC 7laiC 7lakC 7lauC 7layC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC 7lemC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14471.866 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U3KQA6 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-79C / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 60 % v/v Tacsimate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→39.091 Å / Num. obs: 11663 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 3.574 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.033 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 28.12 / Num. measured all: 41685 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7LAH Resolution: 1.854→39.091 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 24.47 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.6 Å2 / Biso mean: 29.1592 Å2 / Biso min: 12.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.854→39.091 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -16.1784 Å / Origin y: -16.8901 Å / Origin z: 1.111 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|