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Yorodumi- PDB-7l72: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l72 | ||||||
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Title | Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to Ro3280 | ||||||
Components | Bromodomain-containing protein 3 | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / BET / PLK1 / epigenetics | ||||||
Function / homology | Function and homology information lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Karim, M.R. / Bikowitz, M. / Schonbrunn, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors. Authors: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l72.cif.gz | 69.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l72.ent.gz | 48.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l72.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l72_validation.pdf.gz | 674.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7l72_full_validation.pdf.gz | 676.2 KB | Display | |
Data in XML | 7l72_validation.xml.gz | 9.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7l72_validation.cif.gz | 13.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l72 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5v67C 5vboC 5vbpC 5vbqC 5vbrC 7bjyC 7k6gC 7k6hC 7ko0C 7l6dC 7l73C 7l9gC 7l9jC 7l9kC 7l9lC 7lahC 7laiC 7lajC 7lakC 7lauC 7layC 7lazC 7lb4C 7lbtC 7lejC 7lekC 7lelC 7lemC 3s92S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13307.399 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD3, KIAA0043, RING3L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q15059 |
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#2: Chemical | ChemComp-79C / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5417 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jan 13, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5417 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→37.63 Å / Num. obs: 19458 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 2.057 % / Biso Wilson estimate: 8.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 12.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3S92 Resolution: 1.5→37.63 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 17.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 57.67 Å2 / Biso mean: 12.3693 Å2 / Biso min: 3.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→37.63 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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