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タイトルDifferential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Year 2021
掲載日2017年3月16日 (構造データの登録日)
著者Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:34710325
手法X線回折
解像度1.3 - 2.75 Å
構造データ

PDB-5v67:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH Volasertib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-5vbo:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH LRRK2-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-5vbp:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH RO3280
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-5vbq:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRDT IN COMPLEX WITH BI2536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-5vbr:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRDT IN COMPLEX WITH Volasertib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7bjy:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to Ro3280
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-7k6g:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7k6h:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD4 bound to XMD8-92
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7ko0:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD4 bound to SG3-179
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7l6d:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to bromosporine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7l72:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to Ro3280
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7l73:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-7l9g:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to BI2536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-7l9j:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to Ro3280
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-7l9k:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD2 bound to LRRK2-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-7l9l:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to BI2536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7lah:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to bromosporine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7lai:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to BI2536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-7laj:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to Ro3280
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.854 Å

PDB-7lak:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to volasertib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.831 Å

PDB-7lau:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD2 bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7lay:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-7laz:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.302 Å

PDB-7lb4:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.004 Å

PDB-7lbt:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-7lej:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to Volasertib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7lek:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to ERK5-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-7lel:
Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to Bromosporine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-7lem:
Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to LRRK2-IN-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

化合物

ChemComp-IBI:
N-{trans-4-[4-(cyclopropylmethyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}-4-{[(7R)-7-ethyl-5-methyl-8-(1-methylethyl)-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxybenzamide / ボラセルチブ / 抗がん剤, 阻害剤*YM / Volasertib

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-4K4:
2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one / LRRK2-IN-1

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-79C:
4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / RO-3280

ChemComp-R78:
4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536

ChemComp-VYJ:
11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one

ChemComp-4WG:
2-{[2-ethoxy-4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl]amino}-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one

ChemComp-5W2:
4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide

ChemComp-BMF:
Bromosporine / ブロモスポリン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-BU1:
1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN (ブロモドメイン) / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / INHIBITOR (酵素阻害剤) / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / kinase (キナーゼ) / Ro3280 / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor / PLK1 (PLK1) / epigenetics (エピジェネティクス) / BRDT / testis specific / TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex / GENE REGULATION/INHIBITOR / GENE REGULATION-INHIBITOR complex / LRRK

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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