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万見
- PDB-7b2s: Crystal structure of SPRY domain of TRIM9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2s
タイトルCrystal structure of SPRY domain of TRIM9
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM9
キーワードLIGASE / E3 ligase / SPRY domain / TRIM / protein-protein interaction / B30.2/SPRY / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase / synaptic vesicle / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoskeleton / protein ubiquitination / protein domain specific binding / dendrite / protein homodimerization activity ...RING-type E3 ubiquitin transferase / synaptic vesicle / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoskeleton / protein ubiquitination / protein domain specific binding / dendrite / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger ...: / COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Fibronectin type III domain / Ring finger / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of TRIM family PRYSPRY domains and its implications for E3-ligand design.
著者: Zhubi, R. / Chaikuad, A. / Munoz Sosa, C.J. / Joerger, A.C. / Knapp, S.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年9月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0452
ポリマ－19,9491
非ポリマー961
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.620, 45.280, 57.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

SO4

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM9 / RING finger protein 91 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM9 / Tripartite motif-containing protein 9


分子量: 19949.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM9, KIAA0282, RNF91 / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9C026, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.91 Å / Num. obs: 24080 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル

CC1/2: 0.995 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.5-1.545.40.05619.517600.0290.06997.6
6.71-35.914.70.0412820.0210.04694.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x8n

4x8n


解像度: 1.5→35.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.037 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0692 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1738 1201 5 %RANDOM
Rwork0.1416 ---
obs0.1432 22878 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.47 Å2 / Biso mean: 14.448 Å2 / Biso min: 5.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→35.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1363 0 5 239 1607
Biso mean--35.44 27.01 -
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.6351993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4271.5843032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6095187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.70322.68382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63515229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.337158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02366
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 84 -
Rwork0.151 1674 -
all-1758 -
obs--97.34 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.6472 Å / Origin y: 17.8448 Å / Origin z: 40.418 Å
111213212223313233
T0.0094 Å20.0018 Å2-0.0036 Å2-0.0084 Å2-0.0025 Å2--0.0024 Å2
L0.6082 °2-0.252 °20.0016 °2-0.43 °2-0.0793 °2--0.8074 °2
S0.0018 Å °-0.0184 Å °-0.0035 Å °0.0416 Å °-0.0041 Å °-0.0033 Å °-0.0146 Å °0.0575 Å °0.0023 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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