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- PDB-7qrz: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qrz
タイトルCrystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID2
要素Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2
キーワードLIGASE / E3 / TRIM / MID2 / TRIM1 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression of viral release by host / protein localization to microtubule / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of autophagy / phosphoprotein binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / transferase activity ...suppression of viral release by host / protein localization to microtubule / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of autophagy / phosphoprotein binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / transferase activity / microtubule binding / microtubule / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / innate immune response / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2 / TRIM1, PRY/SPRY domain / : / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain ...Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2 / TRIM1, PRY/SPRY domain / : / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / SPRY domain / RING-type zinc-finger / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of MID2
著者: Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,19010
ポリマ－21,5981
非ポリマー5939
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.921, 75.084, 78.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-807-

EDO

21A-807-

EDO

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要素

#1: タンパク質 Probable E3 ubiquitin-protein ligase MID2 / Midin-2 / Midline defect 2 / Midline-2 / RING finger protein 60 / RING-type E3 ubiquitin ...Midin-2 / Midline defect 2 / Midline-2 / RING finger protein 60 / RING-type E3 ubiquitin transferase MID2 / Tripartite motif-containing protein 1


分子量: 21597.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID2, FXY2, RNF60, TRIM1 / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UJV3, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% High molecular weight PEG smears, 0.1M ADA pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→48.67 Å / Num. obs: 26626 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.57-1.6111.50.8892.819410.9050.2870.98199.8
7.02-48.6710.10.02834510.0090.02999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6jbm

6jbm


解像度: 1.57→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.466 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0741 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 1327 5 %RANDOM
Rwork0.1624 ---
obs0.1639 25278 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.13 Å2 / Biso mean: 24.777 Å2 / Biso min: 11.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1359 0 41 134 1534
Biso mean--38.31 34.04 -
残基数----171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.6451961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.381.5783165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9195177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37222.98567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63915239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.837155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02334
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 98 -
Rwork0.256 1841 -
all-1939 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3117-0.6170.53590.3113-0.20712.90250.02580.094-0.1186-0.01760.00180.04990.15930.2723-0.02760.0197-0.0030.00570.1018-0.01840.01513.919111.661622.6938
20.88910.27430.17740.27590.16050.8697-0.0152-0.04940.01090.0073-0.012-0.0165-0.0052-0.00640.02720.00170.0021-0.00240.029-0.00030.00457.629615.950635.0552
31.18980.7533-0.55161.1831.13973.3965-0.01140.19830.2946-0.1220.05830.2296-0.2356-0.2284-0.0470.02280.019-0.00680.06670.04740.08971.554319.754924.9456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A531 - 584
2X-RAY DIFFRACTION2A585 - 695
3X-RAY DIFFRACTION3A696 - 710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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