+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qs4 | ||||||
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Title | Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM36 | ||||||
Components | HAPRIN-a2 | ||||||
Keywords | LIGASE / E3 / TRIM / TRIM36 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information ubiquitin-protein transferase activity / regulation of cell cycle / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM36 Authors: Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qs4.cif.gz | 322.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qs4.ent.gz | 263.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qs4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qs4_validation.pdf.gz | 459.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7qs4_full_validation.pdf.gz | 470.7 KB | Display | |
Data in XML | 7qs4_validation.xml.gz | 28.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7qs4_validation.cif.gz | 38.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/7qs4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 26213.561 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pNIC-CTH0 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): -R3-pRARE2 / References: UniProt: Q4R1Q4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 24% PEG 3350, 0.15M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00002 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→46.53 Å / Num. obs: 42900 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.25→46.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 21.632 / SU ML: 0.228 / SU R Cruickshank DPI: 0.2909 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.219 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 218.05 Å2 / Biso mean: 69.725 Å2 / Biso min: 38.81 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→46.53 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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