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万見
- PDB-7qs3: Crystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qs3
タイトルCrystal structure of B30.2 PRYSPRY domain of TRIM16
要素Tripartite motif-containing protein 16
キーワードLIGASE / E3 / TRIM / TRIM16 / B30.2 domain / SPRY domain / PRYSPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to organophosphorus / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / NACHT domain binding / interleukin-1 binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / response to growth hormone / response to retinoic acid / positive regulation of interleukin-1 beta production / PML body / RING-type E3 ubiquitin transferase ...response to organophosphorus / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / NACHT domain binding / interleukin-1 binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / response to growth hormone / response to retinoic acid / positive regulation of interleukin-1 beta production / PML body / RING-type E3 ubiquitin transferase / transferase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain ...: / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of TRIM family PRYSPRY domains and its implications for E3-ligand design.
著者: Zhubi, R. / Chaikuad, A. / Munoz Sosa, C.J. / Joerger, A.C. / Knapp, S.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年9月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,54017
ポリマ－24,5741
非ポリマー96616
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.730, 55.730, 159.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 16 / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM16 / Estrogen-responsive B box protein


分子量: 24573.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM16, EBBP / プラスミド: pGTVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O95361, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 0.2M sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.69 Å / Num. obs: 26339 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.75-1.819.10.9922.325090.9150.3661.12399.9
6.78-45.697.70.0425650.9990.0160.04599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6flm

6flm


解像度: 1.75→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.0935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 1246 4.7 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.1647 25014 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.71 Å2 / Biso mean: 38.628 Å2 / Biso min: 23.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.4 Å2-0 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1604 0 61 149 1814
Biso mean--53.08 46.53 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0171583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.6712320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3311.5743649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9315200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.41421.81899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63315272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1961511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02431
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 83 -
Rwork0.261 1829 -
all-1912 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.47680.7490.45955.984-2.87999.9859-0.17520.4030.6331-0.61310.14530.3943-0.2892-0.43750.02990.16170.0886-0.02360.20560.05520.2235-5.533743.798748.6196
21.1216-0.07060.17732.0629-0.77272.4220.02920.06490.0216-0.08160.05220.0880.0094-0.2562-0.08140.00430.0048-0.00270.06870.00350.00673.924928.037355.3764
35.9706-3.7951.05494.2805-0.7431.043-0.0288-0.00650.28590.1218-0.0235-0.0986-0.1309-0.07930.05230.1274-0.01360.0070.15270.00840.11575.348834.986664.1038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A358 - 375
2X-RAY DIFFRACTION2A376 - 537
3X-RAY DIFFRACTION3A538 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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