PDB-3q93: Crystal Structure of Human 8-oxo-dGTPase (MTH1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q93

タイトル

Crystal Structure of Human 8-oxo-dGTPase (MTH1)

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / NUDIX / MutT-like / Magnesium Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human 8-oxo-dGTPase (MTH1)
著者: Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / ...

履歴

登録	2011年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q93.cif.gz	148 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q93.ent.gz	116.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iryS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zr0-1 5otm-1 6jvm-1 6jvh-1 5ngr-1 6jvq-1 5mze-4 6f1x-1 5anu-d 6jvo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (6)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (4)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.544, 67.681, 82.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 20142.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTH1, NUDT1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) R3 pRARE 参照: UniProt: P36639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7.4 詳細: 0.26 M AMMONIUM SULFATE, 22 % w/v PEG4000, 13 % GLYCEROL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→33.96 Å / Num. obs: 31366 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.701 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IRY

1iry

解像度: 1.8→33.96 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1587	5.07 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.203	31318	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.08 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.6957 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.906 Å²	-0 Å²
3-	-	-	13.6017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2508	0	42	215	2765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	3574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.921	981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8643	0.3617	146	0.3088	2890	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8643-1.939	0.3163	150	0.2642	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
1.939-2.0272	0.2973	166	0.2363	2911	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0272-2.1341	0.2421	142	0.2137	2947	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1341-2.2677	0.2339	153	0.2043	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2677-2.4428	0.2429	168	0.2087	2944	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4428-2.6885	0.245	145	0.2055	2983	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6885-3.0774	0.2832	170	0.2037	2997	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0774-3.8763	0.241	175	0.1829	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8763-33.9636	0.1678	172	0.1815	3180	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7016	0.7783	-0.4605	8.6255	-4.9026	3.9524	0.2581	0.0502	-0.5524	0.0249	-0.323	0.1577	0.0432	0.2671	-0.0615	0.1763	-0.0033	-0.0075	0.1893	0.0015	0.1797	-4.158	5.6408	11.9594
2	3.9136	-0.0583	-2.6008	5.1968	-1.9739	9.2121	0.0131	0.1932	0.0513	0.2385	0.1389	0.1313	-0.0525	-0.4483	-0.0764	0.175	-0.0009	0.0364	0.1411	0.0004	0.0868	-0.0908	19.0664	14.1031
3	5.8155	3.3846	0.6012	2.8188	0.6024	0.1125	0.1893	0.2974	0.0913	0.1316	-0.2415	0.3838	0.0427	-0.1854	0.0127	0.1785	-0.0056	0.0044	0.2288	-0.0018	0.209	-11.2724	8.3532	9.1532
4	7.3668	-6.169	-0.0486	7.3702	1.0445	4.214	0.2991	0.6619	-0.1162	-0.4341	-0.4063	0.5825	0.0368	-0.068	0.1161	0.1486	-0.0479	-0.0119	0.1931	-0.0015	0.2123	-6.3613	12.7979	3.9887
5	2.987	-1.1221	3.1107	5.5784	-6.9091	9.8949	0.0997	-0.1949	-0.4119	0.2082	0.0678	0.1988	-0.0606	-0.3087	-0.0831	0.1839	-0.0115	0.0183	0.1648	-0.0112	0.1258	0.4462	0.9117	16.7453
6	3.5251	0.0801	0.9997	3.9035	0.7567	0.352	0.0512	0.1643	0.5067	-0.2133	-0.0111	0.5206	-0.1368	-0.1851	-0.1053	0.2314	0.0276	0.032	0.1738	0.0678	0.2487	-3.9612	22.4704	9.3621
7	3.3775	-0.2969	-0.6771	5.4206	0.4499	2.8377	0.0139	0.136	0.2139	0.0414	-0.0515	-0.3274	-0.1028	0.0282	0.0378	0.1345	-0.0162	-0.0025	0.1345	0.01	0.1383	9.4445	14.3967	10.8005
8	6.1839	-0.6854	2.6957	4.2219	-1.6483	2.3117	0.1242	0.1941	-0.4402	0.0288	-0.0971	-0.081	0.426	0.3151	-0.0816	0.1416	0.0065	0.0118	0.1079	-0.0278	0.1119	9.0137	2.2244	12.9706
9	5.6885	-0.4083	-2.7385	9.0313	5.8414	4.8305	0.269	-0.0297	-0.9371	0.681	-0.7253	0.4696	0.45	-0.3171	0.3212	0.1658	-0.0203	-0.0928	0.2667	-0.1453	0.542	33.5606	-6.6848	10.6896
10	2.1351	0.9167	-3.0635	1.8034	-0.4138	3.3439	-0.2834	1.6646	-4.2141	0.0966	-0.3102	-0.7936	0.1356	-0.5197	0.1933	0.1409	0.057	-0.21	0.2155	-0.3101	1.7255	28.6552	-19.4117	7.2631
11	2.6141	-1.6006	-0.8476	4.2747	0.5792	0.5401	0.3185	0.7461	-1.8328	0.2303	-0.186	-0.1099	-0.1536	-0.0195	0.0483	0.1644	0.0252	-0.1141	0.3097	-0.2397	0.8203	38.4266	-8.6994	6.8769
12	4.9523	-1.9667	-3.3827	4.7491	-0.1051	3.1447	0.0628	1.9546	-2.3411	-0.1338	-0.5313	-0.5047	-0.064	-0.3909	0.0734	0.0725	0.0701	-0.0939	0.609	-0.5843	0.9127	35.2976	-10.6147	0.6893
13	9.5561	-0.325	-6.9808	0.8228	0.6446	8.5793	0.2328	-0.3652	-1.1243	0.1716	-0.3414	-0.486	-0.343	0.7718	0.0934	0.2052	-0.0505	-0.1234	0.2003	0.0342	0.351	29.9101	-4.7564	15.747
14	9.7689	-0.7258	-0.9836	5.5502	1.0638	2.8929	0.0184	1.6764	-4.5899	0.101	-0.7373	0.0111	0.9507	-0.8651	0.5895	0.0862	0.0934	0.0711	0.5193	-0.7744	1.9862	32.7074	-21.3978	0.7551
15	7.9516	0.7541	-0.3755	1.3929	0.2653	1.3313	0.1581	0.8587	-2.3739	0.0428	-0.1924	-0.1191	0.2252	-0.0511	-0.0484	0.2136	0.0307	-0.0973	0.2945	-0.3196	1.0479	19.1632	-14.148	7.9517
16	9.1717	-0.1602	-1.2959	3.8197	-3.8918	6.9802	0.2857	0.0036	-0.5784	0.2096	-0.2258	-0.1671	-0.2195	-0.0207	-0.1244	0.2083	-0.0005	-0.0632	0.1657	-0.0333	0.2505	20.7949	-3.3506	14.4558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 3:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 13:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 34:54)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 55:69)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 70:86)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 87:108)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 109:131)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 132:156)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 3:12)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 13:31)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 32:51)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 52:69)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 70:88)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 89:107)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 108:130)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 131:156)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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