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- PDB-6ztb: Crystal Structure of human P-Cadherin EC1_EC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ztb
タイトルCrystal Structure of human P-Cadherin EC1_EC2
要素Cadherin-3
キーワードCELL ADHESION / Calcium / Cell Membrane / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tyrosinase activity / negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex ...positive regulation of tyrosinase activity / negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / retina homeostasis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / keratinization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / visual perception / adherens junction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / cell morphogenesis / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell migration / cell adhesion / cadherin binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: PCA062, a P-cadherin Targeting Antibody-Drug Conjugate, Displays Potent Antitumor Activity Against P-cadherin-expressing Malignancies.
著者: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / ...著者: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / McLaughlin, M.E. / Newcombe, R. / Elliot, G. / Tschantz, W.R. / Lehmann, S. / Fanton, C.P. / Miller, K. / Huber, T. / Rendahl, K.G. / Jeffry, U. / Pryer, N.K. / Lees, E. / Kwon, P. / Abraham, J.A. / Damiano, J.S. / Abrams, T.J.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Cadherin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0728
ポリマ－23,8591
非ポリマー2127
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.889, 76.522, 46.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-3 / Placental cadherin / P-cadherin


分子量: 23859.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH3, CDHP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P22223
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.655M NaCl, 85mM HEPES, 15.0% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月22日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→57.55 Å / Num. obs: 78188 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.328 % / Biso Wilson estimate: 23.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 23.72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.4-1.443.4090.8580.5232.0619631578357580.6299.6
1.44-1.483.3870.6980.4042.6319058564556260.4899.7
1.48-1.523.3510.4740.2993.5518479553955140.35699.5
1.52-1.573.2690.3620.234.5717306531952940.27699.5
1.57-1.623.1120.2790.1745.9616051519551580.2199.3
1.62-1.673.4550.1780.1228.7917210499749810.14599.7
1.67-1.743.4280.1290.09111.3716600486348420.10899.6
1.74-1.813.4210.090.06515.8415861467046360.07799.3
1.81-1.893.3560.0580.04821.1314852445744250.05799.3
1.89-1.983.1290.0460.03726.2913259429542380.04498.7
1.98-2.093.2770.0330.02933.1513175407040200.03598.8
2.09-2.213.4530.0250.02539.8413216385438270.02999.3
2.21-2.373.410.0210.02344.0812203360835790.02799.2
2.37-2.563.3380.0180.02148.0211313343333890.02598.7
2.56-2.83.0160.0180.0249.359066306630060.02498
2.8-3.133.2440.0140.01757.769073284027970.0298.5
3.13-3.613.4480.0110.01664.028503249624660.01898.8
3.61-4.433.3920.010.01565.657048210020780.01899
4.43-6.263.120.0110.01563.235113165416390.01899.1
6.26-57.553.5020.0110.01867.5932049309150.02198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å57.55 Å
Translation2.5 Å57.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L3W

1l3w


解像度: 1.4→57.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9426 / SU R Cruickshank DPI: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.05 / SU Rfree Blow DPI: 0.05 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 3910 5 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.1989 78177 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.78 Å2 / Biso mean: 30.79 Å2 / Biso min: 16.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.953 Å20 Å2-0.686 Å2
2---4.6818 Å20 Å2
3----0.2712 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→57.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 7 340 2009
Biso mean--26.81 39.51 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d579SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes246HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1708HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion236SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2123SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1708HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2333HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.55
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 288 5.01 %
Rwork0.2378 5456 -
all0.2386 5744 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8921.6016-0.37221.77-0.22430.6259-0.1304-0.0359-0.003-0.12830.0947-0.1272-0.06210.1060.0357-0.0328-0.03280.0093-0.0119-0.0135-0.024716.553517.29876.5369
22.40380.493-0.46320.74540.14810.571-0.0933-0.117-0.0794-0.0131-0.0530.11060.0644-0.07280.1464-0.0355-0.03080.0114-0.0027-0.0106-0.0242-27.4410.049813.091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ I|106 - I|208 }I106 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2{ I|209 - I|322 }I209 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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