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- PDB-6ztf: Crystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ztf
タイトルCrystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684
要素
  • CQY684 Fab heavy-chain
  • CQY684 Fab light-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: PCA062, a P-cadherin Targeting Antibody-Drug Conjugate, Displays Potent Antitumor Activity Against P-cadherin-expressing Malignancies.
著者: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / ...著者: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / McLaughlin, M.E. / Newcombe, R. / Elliot, G. / Tschantz, W.R. / Lehmann, S. / Fanton, C.P. / Miller, K. / Huber, T. / Rendahl, K.G. / Jeffry, U. / Pryer, N.K. / Lees, E. / Kwon, P. / Abraham, J.A. / Damiano, J.S. / Abrams, T.J.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CQY684 Fab heavy-chain
B: CQY684 Fab light-chain
H: CQY684 Fab heavy-chain
L: CQY684 Fab light-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3984
ポリマ－99,3984
非ポリマー00
水13,818767
1
A: CQY684 Fab heavy-chain
B: CQY684 Fab light-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6992
ポリマ－49,6992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
2
H: CQY684 Fab heavy-chain
L: CQY684 Fab light-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6992
ポリマ－49,6992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.331, 109.384, 139.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CQY684 Fab heavy-chain


分子量: 26420.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1F-
#2: 抗体 CQY684 Fab light-chain


分子量: 23278.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1F-
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.16M calcium acetate, 14.4% PEG 8,000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→69.63 Å / Num. obs: 144981 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.142 % / Biso Wilson estimate: 19.12 Å2 / Rmerge F obs: 0.066 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 20.56 / Num. measured all: 1035486 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.596.7660.4350.523.527185610621106200.563100
1.59-1.637.390.3250.4144.527652910358103560.445100
1.63-1.687.3440.2640.3465.397396910073100720.372100
1.68-1.737.2860.210.2766.6671080975797560.297100
1.73-1.797.1580.1640.2178.3667956949794940.234100
1.79-1.856.7650.1260.16610.4762310921192100.18100
1.85-1.927.120.0930.12614.0563259888988850.135100
1.92-27.4020.0670.09817.9563106852785260.106100
2-2.097.3530.0530.08121.1860372821482110.088100
2.09-2.197.2760.0450.0724.2757252787278690.076100
2.19-2.317.010.040.06226.452277745774570.067100
2.31-2.456.8170.0360.05728.3248593712971280.061100
2.45-2.627.5060.0290.0532.9650218669066900.054100
2.62-2.837.3990.0250.04436.6946043622362230.048100
2.83-3.17.220.0220.0440.141603576657620.04399.9
3.1-3.476.4380.020.03742.4633510520852050.0499.9
3.47-47.3280.0170.03548.3534055464746470.037100
4-4.97.2060.0150.03250.4528564396439640.034100
4.9-6.936.5080.0170.03246.3420175310631000.03499.8
6.93-69.637.0650.0140.03150.2612759181518060.03399.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å69.63 Å
Translation2.5 Å69.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L95

3l95


解像度: 1.55→69.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9513 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.075 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.073
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 7249 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.1889 144980 99.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.33 Å2 / Biso mean: 20.85 Å2 / Biso min: 8.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7026 Å20 Å20 Å2
2---0.5035 Å20 Å2
3---1.2062 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.171 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→69.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6705 0 0 767 7472
Biso mean---28.06 -
残基数----879
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2293SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1004HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6897HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion925SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8290SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6897HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9404HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.63
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 530 5 %
Rwork0.2121 10078 -
all0.2131 10608 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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