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Yorodumi- PDB-6ztr: Crystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684 in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ztr | ||||||
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Title | Crystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684 in complex with human P-Cadherin(108-324) | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Cell Adhesion | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of tyrosinase activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Adherens junctions interactions / catenin complex ...negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of tyrosinase activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Adherens junctions interactions / catenin complex / retina homeostasis / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / keratinization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / visual perception / adherens junction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell morphogenesis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell junction / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / cadherin binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Rondeau, J.M. / Lehmann, S. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cancer Ther. / Year: 2021 Title: PCA062, a P-cadherin Targeting Antibody-Drug Conjugate, Displays Potent Antitumor Activity Against P-cadherin-expressing Malignancies. Authors: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / ...Authors: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / McLaughlin, M.E. / Newcombe, R. / Elliot, G. / Tschantz, W.R. / Lehmann, S. / Fanton, C.P. / Miller, K. / Huber, T. / Rendahl, K.G. / Jeffry, U. / Pryer, N.K. / Lees, E. / Kwon, P. / Abraham, J.A. / Damiano, J.S. / Abrams, T.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ztr.cif.gz | 528.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ztr.ent.gz | 432.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ztr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ztr_validation.pdf.gz | 468.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ztr_full_validation.pdf.gz | 477.3 KB | Display | |
Data in XML | 6ztr_validation.xml.gz | 50.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6ztr_validation.cif.gz | 72.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ztbSC 6ztfSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 26420.283 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TG1F- #2: Antibody | Mass: 23278.812 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab heavy-chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TG1F- #3: Protein | Mass: 23859.352 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab light-chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CDH3, CDHP / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: P22223 #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2M calcium acetate, 10% (w/v) PEG 8,000, 0.1M MES pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.99999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2012 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→72.49 Å / Num. obs: 105445 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.714 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.216 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.97 / Num. measured all: 707980 / Scaling rejects: 114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZTF,6ZTB Resolution: 2.1→72.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9338 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9221 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
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Displacement parameters | Biso max: 212.54 Å2 / Biso mean: 52.86 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.333 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→72.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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