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Yorodumi- PDB-6p7b: Crystal structure of Fowlpox virus resolvase and substrate Hollid... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6p7b | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Fowlpox virus resolvase and substrate Holliday junction DNA complex | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE/DNA / resolvase-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex / TRANSCRIPTION | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcrossover junction DNA endonuclease activity / nuclease activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / four-way junction DNA binding / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Fowlpox virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 3.317 Å | ||||||
Authors | Li, N. / Shi, K. / Rao, T. / Banerjee, S. / Aihara, H. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2020Title: Structural insights into the promiscuous DNA binding and broad substrate selectivity of fowlpox virus resolvase. Authors: Li, N. / Shi, K. / Rao, T. / Banerjee, S. / Aihara, H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6p7b.cif.gz | 331.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6p7b.ent.gz | 271.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6p7b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6p7b_validation.pdf.gz | 458.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6p7b_full_validation.pdf.gz | 469.6 KB | Display | |
| Data in XML | 6p7b_validation.xml.gz | 24.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6p7b_validation.cif.gz | 32.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7b | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 17372.885 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fowlpox virus / Gene: FPV187 / Production host: ![]() #2: DNA chain | | Mass: 8971.765 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Fowlpox virus#3: DNA chain | | Mass: 8829.697 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Fowlpox virus |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M sodium cacodylate, pH6.6, 0.15M sodium chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9791 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→39.803 Å / Num. obs: 17192 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0539 / Net I/σ(I): 8.2 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.947 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6167 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 97.02 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 3.317→39.803 Å / SU ML: 0.7 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.36
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1.2 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.317→39.803 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Fowlpox virus
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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