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- PDB-6p7b: Crystal structure of Fowlpox virus resolvase and substrate Hollid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7b
タイトルCrystal structure of Fowlpox virus resolvase and substrate Holliday junction DNA complex
要素
  • (DNA (29-MER)) x 2
  • Holliday junction resolvase
キーワードHYDROLASE/DNA / resolvase-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction DNA endonuclease activity / nuclease activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase, A22 / Poxvirus A22 protein / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / A22R orthologue / Holliday junction resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.317 Å
データ登録者Li, N. / Shi, K. / Rao, T. / Banerjee, S. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the promiscuous DNA binding and broad substrate selectivity of fowlpox virus resolvase.
著者: Li, N. / Shi, K. / Rao, T. / Banerjee, S. / Aihara, H.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction resolvase
B: Holliday junction resolvase
C: Holliday junction resolvase
D: Holliday junction resolvase
E: DNA (29-MER)
F: DNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2936
ポリマ－87,2936
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.510, 143.510, 56.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質
Holliday junction resolvase


分子量: 17372.885 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fowlpox virus (鶏痘ウイルス) / 遺伝子: FPV187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385H9X4, UniProt: Q9J546*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8971.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8829.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH6.6, 0.15M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→39.803 Å / Num. obs: 17192 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0539 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.947 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6167 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 97.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3366: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.317→39.803 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 805 4.7 %
Rwork0.2102 --
obs0.2133 17139 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.317→39.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 1144 0 0 6001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6568656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4143564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3173-3.5250.4531250.34362681X-RAY DIFFRACTION98
3.525-3.7970.38761490.31132645X-RAY DIFFRACTION98
3.797-4.17870.3681540.26862703X-RAY DIFFRACTION99
4.1787-4.78250.246990.2032765X-RAY DIFFRACTION98
4.7825-6.02210.27251350.22562744X-RAY DIFFRACTION99
6.0221-39.80540.2321430.17232796X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.79433.00331.40018.79131.37852.07460.6221-0.2509-0.73370.3513-0.2859-0.04180.2639-0.2889-0.27811.03340.1349-0.10431.0710.02130.99465.01876.257613.6191
29.14070.6262-0.44155.39824.38266.15530.66950.03030.13870.11280.01330.1824-0.5069-0.2341-0.64480.96270.22350.14780.95760.01381.100962.312715.580714.0534
37.3125-1.57991.38853.39790.26944.243-0.53281.9631-0.3031-0.60190.79930.98240.72470.4161-0.28981.22180.2357-0.05231.1107-0.12960.883357.971113.8677.3072
41.06151.8041.77884.45514.70467.0228-1.6094-0.311-0.29820.1756-0.98852.2885-3.51792.26522.97111.57670.0519-0.15742.499-0.28552.52247.5019-0.735713.7025
59.0197-1.71561.45584.1223-1.39567.77840.1512-0.574-0.9388-0.74860.34781.12491.0909-0.4523-0.56860.8181-0.0268-0.151.0188-0.01131.505857.7895-2.417110.3889
64.55665.15-0.11817.00221.62113.06061.00311.0039-1.7044-3.0485-1.50721.86660.53511.48030.43811.87390.42060.04111.2045-0.09381.36341.533247.532261.519
78.57163.8115-3.2368.78073.87045.28660.7881-0.44051.8406-0.0364-0.6323-0.5634-1.37440.1020.42551.44640.49940.05151.43730.12361.984341.154252.512564.5539
84.2963.92632.86443.78822.86192.24520.99510.2868-0.0166-1.1920.1079-3.1614-1.2750.4376-0.2421.89250.1814-0.13351.40810.06941.534936.712253.113362.9365
97.6617-1.6773.30092.543-0.35145.5311.23571.7645-3.0272-1.5686-0.2674.48961.38970.33771.05541.92011.0998-0.29122.2646-0.47743.07335.999934.345254.0103
104.06644.7964-1.83197.8310.03822.9992-0.0736-0.2279-2.6102-0.1764-1.09942.2712-1.7873-1.93041.16361.58290.29770.15521.3569-0.47181.795132.31641.384863.828
117.31250.2033-7.7763.74341.45669.0867-1.47852.41550.0507-1.7462-0.42820.3302-0.4623-2.7771.38382.17340.9181-0.26221.7045-0.4051.497728.030750.593360.2296
125.7611-1.33733.15934.1114-3.26694.91544.2888-2.0573-0.8064-1.7507-3.66141.5979-2.1828-1.2274-0.92662.49260.60630.14262.9701-0.6092.002146.200640.469446.204
137.5925-5.93816.20167.875-5.54025.20742.10834.7221-0.5978-1.82-1.7396-0.6472-4.16782.7816-1.08634.60360.1691.18853.08940.04712.634452.701549.179249.2879
149.2489-3.90957.05974.3731-2.24267.35551.85020.33420.1215-0.58880.0305-0.0073-1.82171.51870.71471.8769-0.32850.64691.92571.08923.850454.446160.151857.2204
159.4086.4646-6.17275.5407-3.04395.35821.4806-2.84061.3599-1.0615-2.0706-0.25150.91091.8626-0.06561.41170.41640.31221.91510.02573.373556.091447.518560.5188
169.42345.32929.1727.28723.36789.6854-2.61210.7363-0.6523-1.78761.70770.0355-0.357-1.1585-0.71121.96130.3250.91612.18030.38491.218141.250153.927251.7023
175.72774.4003-2.1653.7398-0.92072.37062.17590.21531.50981.7662-1.15972.5094-0.12660.1879-0.72251.20450.00250.17431.1383-0.37042.373267.701938.593516.3874
183.75370.1324-4.23019.32124.64927.2481-0.35030.8953.13530.49690.6334-1.1824-0.74661.7837-0.41851.34820.0502-0.35151.3274-0.2922.350174.95141.807815.1952
193.84374.821-0.52088.83762.61219.9324-0.86140.37591.4559-0.9161.04921.2187-1.97940.8917-0.22641.4657-0.10240.02411.27670.10231.407670.962733.43411.7525
200.0054-0.0380.18170.0658-0.4783.0973-0.6041-2.027-0.42090.85340.86371.11750.34570.00634.6051-0.65441.28041.07051.4389-0.33423.703756.280531.519523.0981
219.3305-0.72511.22292.23361.70842.9008-0.3098-0.8899-1.34030.42890.32771.45550.1092-0.25810.08551.06630.15680.22211.01670.00221.575766.397126.694917.081
223.2237-2.2214-2.4912.93713.0223.0436-1.4718-1.7833-1.68681.92770.4498-0.1367-0.22231.50880.70291.61580.07950.40341.7395-0.24681.001374.780828.821121.4019
236.2636.8823-2.83029.8265-7.22028.82350.9823-0.82783.60013.36681.5569-0.7645-2.03110.55110.68553.4709-0.1240.46792.3102-1.85572.995162.625949.067328.0135
248.5645-4.0763-4.82515.5187-1.70927.1956-0.8132.25935.3665-2.86782.03911.26350.5972-0.83181.25933.4101-0.9022-1.61540.8950.58793.555576.750655.301415.0926
257.67587.2733-7.88147.8253-6.60498.89473.14833.27653.1872-3.4885-0.70533.6647-0.13090.9518-2.64291.40320.72550.45513.32250.63753.676964.146552.780612.4643
268.9779-7.32462.73919.0583-6.29926.1531-2.8245-2.21510.86913.1460.96943.1791-2.4294-1.42852.08563.5583-0.20890.49621.7023-0.83612.108873.039443.166125.3708
279.3195-7.3332-1.46575.99342.34855.9522-0.6822-0.8259-1.0051-2.06792.793-1.24141.9542-1.3425-0.58851.8948-1.16980.04561.55680.41172.275816.233730.848568.6728
284.84786.8053-0.64782.01-0.63770.12191.78320.9751-0.7371.9124-1.8803-2.11790.12381.1025-1.12691.6653-0.1883-0.34013.89510.03235.720412.040532.583883.5335
299.0652-5.1031-2.26794.2169-0.17444.7890.34520.4094-2.14520.18470.38652.5033-0.0831-3.3034-0.79681.42650.33850.03112.41620.28832.164719.321136.288869.6611
309.21376.41823.19367.6756-1.90046.33913.01033.0064-1.05072.1118-1.4313-0.4107-0.8841-0.7281-2.071930.42860.13662.7412-0.41862.78813.787115.881672.3447
310.3251-2.0673-1.36428.79745.80420.44975.13941.05391.4251-4.76032.8389-0.2236-2.3813.43152.30980.292-0.17654.93281.02572.7507-0.263127.489577.8262
327.9381.85496.77981.05823.04022.0039-2.7694-0.22611.40320.27861.375-0.81612.0658-4.58720.40243.002-0.1452-0.02973.95011.71392.80234.998625.04265.0146
332.66731.6322.27232.26332.05892.28013.03131.1228-0.14361.8122.1142-0.35142.1463-4.3352-5.02032.1279-1.0153-0.48622.390.52572.949515.203425.432478.9083
349.1382.45243.69161.06220.11392.45680.7582-1.49520.45711.0478-0.47380.10482.80880.3472-0.40732.73820.7960.0763.2599-0.19871.909539.731626.515729.6952
350.2105-1.08581.12545.9237-5.95696.01120.87031.1164.34716.520.1208-6.4593-1.18921.9089-0.27732.73740.15450.20172.9274-0.08633.550564.064627.192435.9797
365.96191.9422-5.03090.4409-1.88494.34311.4845-2.162-0.3470.2464-0.20790.1107-0.64061.079-1.17532.72270.46650.12352.94880.10381.824651.820123.78748.9708
375.939-3.57975.06173.7655-4.83886.24720.02330.50861.0509-0.2165-0.84920.4082-1.0315-1.52240.81862.2760.5653-0.08082.4593-0.04151.561446.804525.092954.8465
382.7023-0.065-3.61931.5478-0.4375.04540.23521.7571-0.2716-1.91270.1702-0.46233.6179-1.43890.48296.01261.2884-0.62954.9179-0.08891.645226.916439.831345.8757
395.83745.2708-7.37814.7543-6.67069.3634-2.54415.3450.8949-1.4865-2.3688-0.61980.1271-6.30173.73082.12520.5742-0.20823.4538-0.4382.28127.119333.203448.9924
409.48226.26126.2325.84525.52236.7231-2.1853-0.85671.563-0.14762.49660.8160.18524.3310.05633.15770.3767-0.14193.00530.29292.347338.58427.098627.2544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 13 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 14 through 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 51 through 60 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 61 through 66 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 79 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 80 through 89 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 90 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 101 through 112 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 113 through 124 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 125 through 132 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 133 through 148 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 13 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 14 through 40 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 41 through 60 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 61 through 67 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 68 through 80 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 81 through 89 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 90 through 112 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 113 through 124 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 125 through 132 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 133 through 148 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 2 through 13 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 14 through 25 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 26 through 89 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 90 through 112 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 113 through 124 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 125 through 132 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 133 through 147 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 1 through 10 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 11 through 15 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 16 through 29 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 1 through 10 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 11 through 15 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 16 through 20 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 21 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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