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万見
- PDB-6y1l: Crystal structure of the paraoxon-modified A.17 antibody FAB frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1l
タイトルCrystal structure of the paraoxon-modified A.17 antibody FAB fragment - L47R mutant
要素
  • FAB A.17 L47R mutant HEAVY CHAIN
  • FAB A.17 L47R mutant Light CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / QM/MM computation / designed biocatalysts / bioscavengers / phosphoryl transfer / organophosphorus agents
機能・相同性DIETHYL PHOSPHONATE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chatziefthimiou, S. / Mokrushina, Y. / Smirnov, I. / Gabibov, A. / Wilmanns, M.
資金援助 ドイツ, ロシア, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research05K14YEB ドイツ
Ministry of Education and Science of the Russian FederationRFMEFI60414X0069 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Multiscale computation delivers organophosphorus reactivity and stereoselectivity to immunoglobulin scavengers.
著者: Mokrushina, Y.A. / Golovin, A.V. / Smirnov, I.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Bobik, T.V. / Zalevsky, A.O. / Zlobin, A.S. / Konovalov, K.A. / Terekhov, S.S. / Stepanov, A.V. / ...著者: Mokrushina, Y.A. / Golovin, A.V. / Smirnov, I.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Bobik, T.V. / Zalevsky, A.O. / Zlobin, A.S. / Konovalov, K.A. / Terekhov, S.S. / Stepanov, A.V. / Pipiya, S.O. / Shamborant, O.G. / Round, E. / Belogurov Jr., A.A. / Bourenkov, G. / Makarov, A.A. / Wilmanns, M. / Xie, J. / Blackburn, G.M. / Gabibov, A.G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB A.17 L47R mutant HEAVY CHAIN
L: FAB A.17 L47R mutant Light CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2124
ポリマ－54,0502
非ポリマー1622
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.723, 66.750, 66.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 FAB A.17 L47R mutant HEAVY CHAIN


分子量: 27415.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#2: 抗体 FAB A.17 L47R mutant Light CHAIN


分子量: 26634.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#3: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M ADA, pH 7.5 0.3M MgCl2 12% PEG 6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.51 Å / Num. obs: 83469 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 15949 / CC1/2: 0.688

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xza

2xza


解像度: 1.4→29.507 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 4244 5.09 %
Rwork0.1707 79210 -
obs0.1722 83454 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.19 Å2 / Biso mean: 24.0372 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→29.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 9 488 3779
Biso mean--25.22 36.79 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4374887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7671277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.41590.34171260.3071251491
1.4159-1.43260.31431290.2861253595
1.4326-1.450.33031460.2831256895
1.45-1.46840.27281270.2647265096
1.4684-1.48770.34541280.2629254595
1.4877-1.50810.27261460.2441264496
1.5081-1.52960.2611250.2357257196
1.5296-1.55250.28091350.2346265396
1.5525-1.57670.26011250.2175262797
1.5767-1.60260.22061420.2093256395
1.6026-1.63020.2841360.1984262996
1.6302-1.65990.21761480.1959261497
1.6599-1.69180.22521430.1853262497
1.6918-1.72630.21391620.1878258397
1.7263-1.76380.23341450.1716264797
1.7638-1.80490.1871540.1705265197
1.8049-1.850.21441400.1737264997
1.85-1.90.23111470.1713258896
1.9-1.95590.19541580.1696266498
1.9559-2.0190.17851520.1598265798
2.019-2.09120.2081330.1593266898
2.0912-2.17490.19081520.1631266198
2.1749-2.27380.2061520.1673269199
2.2738-2.39360.19971540.1705265197
2.3936-2.54350.21151410.1727270399
2.5435-2.73980.19841230.1717272699
2.7398-3.01530.18181430.1703270599
3.0153-3.4510.17481540.1574268198
3.451-4.34570.16791440.14012749100
4.3457-29.50.1721340.1498279999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.11970.45950.9332.07470.11883.08210.04910.1399-0.2397-0.1044-0.0956-0.0440.2734-0.0470.04450.1290.01530.01260.1305-0.00210.11780.1119-3.2086-1.5868
21.46150.2629-0.54171.8477-1.38962.29540.0482-0.08550.00070.1447-0.04490.06460.04520.0736-0.00820.1265-0.0251-0.01440.0814-0.00490.11310.4595-7.742928.45
32.58660.0517-0.54951.3701-0.22193.3990.12220.19210.18930.0203-0.00210.0783-0.18450.0366-0.10240.09020.00870.02360.10080.01410.1304-17.27965.07649.947
43.8130.01441.05960.6509-0.11991.4603-0.0746-0.15030.04780.08210.04270.0455-0.0232-0.11720.03430.11980.00670.00050.0922-0.01320.09738.26553.920937.6817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:117)H1 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 118:224)H118 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3(chain L and resid 2:107)L2 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4(chain L and resid 108:219)L108 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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