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- PDB-6xq0: Human antibody S8V2-18 in complex with the influenza hemagglutini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xq0
タイトルHuman antibody S8V2-18 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/California/7/2009(NYMC-X181)(H1N1)
要素
  • (antibody S8V2-18 ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117892 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface.
著者: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Hemagglutinin
A: Hemagglutinin
C: antibody S8V2-18 light chain
B: antibody S8V2-18 heavy chain
E: antibody S8V2-18 heavy chain
F: antibody S8V2-18 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1899
ポリマ－149,3396
非ポリマー1,8503
水11,566642
1
D: Hemagglutinin
E: antibody S8V2-18 heavy chain
F: antibody S8V2-18 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5484
ポリマ－74,6703
非ポリマー8791
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin
C: antibody S8V2-18 light chain
B: antibody S8V2-18 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6415
ポリマ－74,6703
非ポリマー9712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.200, 55.260, 168.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CFBE

#2: 抗体 antibody S8V2-18 light chain


分子量: 23608.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 antibody S8V2-18 heavy chain


分子量: 25863.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 DA

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 25198.215 Da / 分子数: 2 / 断片: head domain (UNP residues 65-281) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/reassortant/NYMC X-181A(A/NYMC X-157 x California/07/2009)(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/reassortant/NYMC X-181A(A/NYMC X-157 x California/07/2009)(H1N1)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: I6T519
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 643分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% w/v PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.88 Å / Num. obs: 62605 / % possible obs: 95.24 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 38.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1086 / Rpim(I) all: 0.07681 / Rrim(I) all: 0.1337 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 2.3→2.383 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6738 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 6233 / CC1/2: 0.683 / CC star: 0.901 / Rpim(I) all: 0.4714 / Rrim(I) all: 0.8263 / % possible all: 96.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3UBE, 4U6V, 4LRN, & 6E4X

3ube

4u6v

4lrn

6e4x


解像度: 2.3→44.88 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 3038 4.86 %
Rwork0.2221 59533 -
obs0.2243 62571 95.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.28 Å2 / Biso mean: 43.3466 Å2 / Biso min: 17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10188 0 124 642 10954
Biso mean--50.7 38.32 -
残基数----1321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3004-2.33640.36561490.3235258894
2.3364-2.37470.35321390.3053276398
2.3747-2.41560.34271310.2928281598
2.4156-2.45950.33071330.294272097
2.4595-2.50680.37081420.295278697
2.5068-2.5580.36831630.297266796
2.558-2.61360.34651360.3008269095
2.6136-2.67440.35051240.294262493
2.6744-2.74130.37281290.2971256590
2.7413-2.81540.3571440.2933273497
2.8154-2.89820.33771530.2822271196
2.8982-2.99180.33721390.2766270396
2.9918-3.09870.33511290.2646273896
3.0987-3.22270.28131230.2592271295
3.2227-3.36930.29731410.2365268595
3.3693-3.54690.25641530.2179271496
3.5469-3.7690.26361210.2056271496
3.769-4.05980.22531390.1857258790
4.0598-4.46810.21971450.1572278097
4.4681-5.11380.16411380.1455274596
5.1138-6.43980.16931130.1726278295
6.4398-44.880.22911540.1832271091
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3438-0.2258-0.43160.5710.24190.53520.00520.0221-0.0547-0.29730.2106-0.08190.1645-0.05960.24280.2740.0062-0.0270.20590.04980.203227.5104-61.06586.254
20.20450.3627-0.48560.803-0.96741.1379-0.072-0.13040.1133-0.00440.03910.15840.0858-0.106200.2908-0.0114-0.00070.2969-0.00230.279826.6533-56.768789.0734
30.79740.0362-0.2746-0.0085-0.10180.2611-0.0133-0.12270.1784-0.11430.0828-0.0868-0.3362-0.1855-00.28630.0304-0.02210.28130.02180.308230.1052-50.447182.7246
41.83651.72550.21492.119-0.08540.2434-0.47090.2351-0.6153-0.12910.1519-0.31920.04010.185-0.26060.37220.1439-0.0040.3185-0.02530.343650.5421-62.624682.403
50.21780.0609-0.43180.1962-0.19280.8373-0.1570.04790.1252-0.77290.18820.1811-0.4873-0.37770.02270.4049-0.0099-0.09860.28090.00410.346440.0429-67.378797.0729
60.2694-0.3952-0.24080.52820.27360.59130.10780.0586-0.1916-0.2136-0.09520.07560.02890.0956-0.0030.26370.0017-0.03680.2675-0.00660.364251.1682-59.412788.6652
70.00820.0611-0.00990.4153-0.13540.1423-0.11670.1356-0.325-0.32010.1073-0.01690.02920.3206-0.02660.3146-0.03680.07250.3857-0.04210.362344.4674-52.376171.901
81.10640.170.93420.1121-0.14921.32560.44230.196-0.46820.02080.116-0.3105-0.18240.17750.10440.2956-0.0081-0.07770.2853-0.01180.170141.6743-50.565985.1615
90.0136-0.0367-0.0310.03460.02860.0180.29320.22180.5593-0.23970.3281-0.5771-0.8580.06720.00190.415-0.0189-0.02660.34150.0160.430855.5323-54.650299.4525
100.8212-0.095-0.73580.3033-0.01680.92420.17980.3379-0.11090.1872-0.0966-0.1183-0.19610.2381-0.00680.2251-0.047-0.01860.2641-0.03030.449550.7793-44.73486.0766
110.5178-0.4003-0.06410.38870.21630.3838-0.3409-0.21420.1347-0.03080.17010.53390.44480.1153-0.00690.3237-0.01290.00150.3146-0.02320.368644.8688-52.6158104.2948
120.5659-0.24570.52510.4694-0.21370.46380.08210.0414-0.0083-0.04740.0635-0.22620.02940.1651-0.00020.2337-0.02750.02260.2453-0.0010.318842.8722-48.05882.0603
130.08390.1356-0.09110.2111-0.15920.4250.03670.14650.31520.0336-0.23410.01290.3612-0.0858-0.03920.2597-0.0014-0.07290.299-0.04930.35637.5445-53.612179.7456
140.18170.1943-0.14380.71540.17640.2302-0.11930.183-0.13740.18880.17890.07170.17010.1879-00.37-0.0065-0.02580.2482-0.00450.267530.7012-34.5283165.2921
150.3257-0.1844-0.51560.25570.23370.5696-0.01410.00190.08590.06850.07190.05830.1029-0.063900.35350.0129-0.01260.33860.01550.256631.8204-30.2594162.5433
160.8248-0.7675-0.09740.7490.31070.45410.04710.03510.0471-0.0957-0.0038-0.0482-0.21180.1596-0.00020.3782-0.0637-0.01540.27830.0070.323327.7176-23.8556168.5562
170.5522-0.08-0.0760.1244-0.13170.7742-0.1288-0.3441-0.39980.21410.12250.11160.9074-0.652-0.02930.4107-0.0569-0.06350.38080.05550.40227.5094-36.0958167.1228
180.16640.0372-0.34890.0239-0.10390.7022-0.1146-0.2503-0.10760.74280.57530.5760.4109-0.814-0.01950.35220.0259-0.12560.2890.06950.391719.3051-40.8681153.4361
190.25730.12150.3240.75110.16470.210.0437-0.1278-0.1630.26030.0970.25670.1461-0.26530.00010.3973-0.00660.03230.37190.05670.34049.838-29.849167.6796
200.45440.0603-0.34730.14730.09210.29890.23390.070.0878-0.05470.0154-0.04190.31960.03080.00390.3784-0.0171-0.0430.2330.04970.30269.4552-26.2739156.1577
210.38780.3727-0.33540.5047-0.01330.8251-0.4035-0.0922-0.1694-0.22480.22350.231-0.5473-0.3348-0.02250.31540.03660.02910.29110.04640.36817.446-18.1619163.4913
220.2279-0.1340.31030.748-0.54530.7081-0.0925-0.0140.0156-0.05280.06530.27740.01240.2295-0.00010.2997-0.01410.00760.30340.00090.343815.0085-23.3642158.9959
230.0192-0.03410.2570.97510.24040.17970.1308-0.15-0.0992-0.0143-0.0744-0.11340.193-0.1795-0.01660.35890.01380.03150.31540.09750.333722.5427-25.2423172.4564
240.8334-0.0945-0.38320.32-0.0080.17230.10760.22420.13630.12730.3527-0.35610.40430.95120.0050.4132-0.03330.00530.42380.05740.436728.7946-10.8842120.2889
250.651-0.1044-0.75550.3530.33250.9426-0.1078-0.0249-0.161-0.18150.09650.0838-0.1130.2119-0.00020.4160.02830.00110.38720.00640.313424.999-12.104129.7373
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290.36290.38730.2310.99020.0290.3909-0.2816-0.00370.09590.05260.1121-0.2442-0.167-0.0265-0.00080.38760.0771-0.06870.41770.04490.41135.112.7919100.3764
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310.7013-0.2030.05240.0794-0.19660.5061-0.02170.37240.1996-0.3015-0.1616-0.0464-0.41710.2253-0.00010.54870.0476-0.07830.48020.09420.4163.55597.912194.2307
320.337-0.71440.18391.4006-1.00021.74740.0298-0.04960.0150.1206-0.02380.0854-0.20310.006200.2994-0.0119-0.05710.2482-0.01060.284412.7113-2.4089139.4297
330.2681-0.04730.16860.15410.10790.20240.02150.16320.4788-0.4884-0.1629-0.3643-0.4705-0.0335-0.00290.35740.0222-0.01340.50740.02040.3405-7.3446-0.3151100.3457
340.21290.33490.2221.41240.24220.2761-0.06580.12730.06380.1551-0.0429-0.015-0.1736-0.1499-0.00010.38880.0245-0.01020.4319-0.03680.3652-3.02221.6641112.9368
350.92810.42880.48740.75370.99851.2757-0.0027-0.03840.01210.0710.0929-0.1137-0.02040.0193-00.27030.0376-0.04830.23330.00620.288147.9703-29.0602110.3657
360.3375-0.2779-0.17220.21350.1310.0719-0.0406-0.66240.119-0.2304-0.2975-0.11250.64940.1315-0.07530.57060.0108-0.03980.9298-0.10760.437966.7191-24.4474150.2962
370.95370.23330.21730.6298-0.10840.1205-0.0674-0.42770.14270.04410.03740.1892-0.2169-0.0116-0.00010.42750.1053-0.0030.529-0.08880.421864.3732-24.3816137.3995
380.5896-0.3108-0.36230.37580.30340.26020.2652-0.1307-0.45760.10480.15370.88880.1336-0.5731-0.0010.65330.11290.03740.6490.05380.536632.6516-36.6736130.4674
390.21020.1619-0.08640.1402-0.09280.0696-0.22250.0919-0.1491-0.26610.30770.09470.45330.08870.00060.66020.02780.00450.60770.03010.454327.111-36.6683120.7216
401.2334-0.57-0.90940.8412-0.15131.2272-0.1691-0.1653-0.34240.52670.2165-0.03760.3388-0.15540.00340.43770.02480.03420.3771-0.01010.380937.765-42.956121.7542
410.4130.2822-0.34180.2880.0070.4681-0.1638-0.10450.06120.1238-0.12040.16680.0881-0.1432-0.00020.37030.0319-0.01860.46360.05470.31139.8-39.9638127.1195
421.05650.5478-0.14830.2923-0.05760.11530.4529-0.1266-0.02650.1410.48720.428-0.57070.52510.00370.45660.14450.00490.5249-0.07560.51537.181-32.9151124.8451
430.8938-0.3380.58210.1396-0.24110.36130.0175-0.7042-0.11820.12860.068-0.4063-0.06420.18730.32620.7164-0.03390.14530.939-0.30430.48355.4028-27.5614150.818
441.6099-1.62870.35842.1803-1.10211.3138-0.3559-0.74120.9742-0.4646-0.0875-0.28710.13560.3738-0.56670.3851-0.0372-0.0310.8759-0.38790.462363.4829-14.8123145.8402
451.4337-0.94141.51331.2071-0.61271.96160.348-1.24480.39940.40250.330.6664-0.25250.01651.38420.37870.01330.22530.8639-0.36970.893547.6585-23.4568150.06
460.1416-0.34850.28031.3738-1.40622.23970.2357-0.78490.6843-0.25670.41730.39050.2131-0.20030.8410.40310.02660.11240.715-0.2990.670950.1032-23.4118145.3465
472.11840.71220.03490.2964-0.02590.18970.3867-0.79610.92230.8126-0.45970.933-0.08240.0095-0.28590.6065-0.13810.17870.9437-0.3930.659256.4324-15.7489154.3333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 56 through 81 )D56 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 82 through 100 )D82 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 101 through 119 )D101 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 120 through 136 )D120 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 137 through 147 )D137 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 148 through 163 )D148 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 164 through 174 )D164 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 175 through 184 )D175 - 184
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 185 through 196 )D185 - 196
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 197 through 215 )D197 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 216 through 229 )D216 - 229
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 230 through 248 )D230 - 248
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 249 through 265 )D249 - 265
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 56 through 81 )A56 - 81
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 82 through 100 )A82 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 101 through 119 )A101 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 120 through 136 )A120 - 136
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 137 through 147 )A137 - 147
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 148 through 176 )A148 - 176
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 177 through 196 )A177 - 196
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 197 through 215 )A197 - 215
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 216 through 248 )A216 - 248
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 249 through 268 )A249 - 268
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1 through 18 )C1 - 18
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 19 through 48 )C19 - 48
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 49 through 61 )C49 - 61
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 62 through 75 )C62 - 75
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 76 through 107 )C76 - 107
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 108 through 150 )C108 - 150
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 151 through 174 )C151 - 174
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 175 through 212 )C175 - 212
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 1 through 135 )B1 - 135
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 136 through 150 )B136 - 150
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 151 through 230 )B151 - 230
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 1 through 135 )E1 - 135
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 136 through 150 )E136 - 150
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 151 through 230 )E151 - 230
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 1 through 18 )F1 - 18
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 19 through 29 )F19 - 29
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 30 through 75 )F30 - 75
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 76 through 92 )F76 - 92
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 93 through 107 )F93 - 107
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 108 through 121 )F108 - 121
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 122 through 137 )F122 - 137
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 138 through 150 )F138 - 150
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 151 through 174 )F151 - 174
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 175 through 212 )F175 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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