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- PDB-6xpx: Human antibody S1V2-51 in complex with the influenza hemagglutini... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xpx | ||||||||||||
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Title | Human antibody S1V2-51 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Aichi/2/1968 (X-31)(H3N2) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. Authors: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 292.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 234.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 824.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 835.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xpoC ![]() 6xpqC ![]() 6xprC ![]() 6xpyC ![]() 6xpzC ![]() 6xq0C ![]() 6xq2C ![]() 6xq4C ![]() 5i18S ![]() 6e4xS ![]() 6e56S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 31936.943 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules CB
#2: Antibody | Mass: 24198.760 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#3: Antibody | Mass: 24159.008 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 2 types, 3 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Sugar |
-Non-polymers , 4 types, 26 molecules ![](data/chem/img/BCN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-1PE / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.3 M Magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 2000, 15% (w/v) Glycerol, 0.1 M BICINE, pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.598→42.65 Å / Num. obs: 30757 / % possible obs: 98.84 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06237 / Rpim(I) all: 0.03622 / Rrim(I) all: 0.07237 / Net I/σ(I): 12.78 |
Reflection shell | Resolution: 2.598→2.691 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7997 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 2992 / CC1/2: 0.583 / CC star: 0.858 / Rpim(I) all: 0.4695 / Rrim(I) all: 0.931 / % possible all: 96.86 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6E56, 5I18, 6E4X Resolution: 2.598→42.646 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.15 Å2 / Biso mean: 80.1681 Å2 / Biso min: 34.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.598→42.646 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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