PDB-3tov: The crystal structure of the glycosyl transferase family 9 from V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tov

タイトル

The crystal structure of the glycosyl transferase family 9 from Veillonella parvula DSM 2008

要素

Glycosyl transferase family 9

キーワード

TRANSFERASE / glycosyl transferase family 9 / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Glycosyl transferase, family 9 / Glycosyltransferase family 9 (heptosyltransferase) / glycosyltransferase activity / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Glycosyl transferase family 9

機能・相同性情報

生物種

Veillonella parvula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.983 Å

データ登録者

Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the glycosyl transferase family 9 from Veillonella parvula DSM 2008
著者: Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tov.cif.gz	288.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tov.ent.gz	237.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tov_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tov_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	3tov_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	3tov_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3tov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/3tov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3f4a-d 3kn2-d 6ahv-d 2p59-d 1say-d 1pjb-d 3wvj-d 3qek-2 3ugk-d 2j92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100861

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl transferase family 9

B: Glycosyl transferase family 9

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl transferase family 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl transferase family 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.708, 95.394, 121.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Experimentally unknown. The molecule is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	Glycosyl transferase family 9 分子量: 39918.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア) 株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0760 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: D1BM34
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Magnesium sulfate, 0.1M MES:NaOH., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918, 0.97932

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97918	1
2	0.97932	1

反射

解像度: 2.983→41 Å / Num. all: 18816 / Num. obs: 18816 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 929 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.983→40.791 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2669	957	5.11 %	random
R_work	0.1711	-	-	-
all	0.176	18739	-	-
obs	0.176	18739	97.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.436 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.3506 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-18.8122 Å²	-0 Å²
3-	-	-	28.1628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.983→40.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5457	0	55	27	5539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5626
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.176	7636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.784	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.983-3.1402	0.3982	123	0.2684	2371	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1402-3.3369	0.335	138	0.2257	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3369-3.5944	0.284	136	0.1779	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5944-3.9559	0.2681	155	0.1609	2544	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9559-4.5276	0.2138	136	0.1354	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5276-5.7019	0.2558	145	0.1488	2565	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7019-40.7953	0.2435	124	0.1718	2653	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1416	-1.12	0.0827	3.2191	-0.1853	3.6782	0.1566	0.3169	-0.449	-0.2989	-0.2496	-0.3581	0.2529	0.5398	0.0418	0.2506	0.1523	-0.0305	0.3378	0.1015	0.5414	40.7444	17.8719	40.1084
2	8.9257	-2.2866	3.4103	5.4165	1.0056	5.9314	0.2215	0.3624	-1.0379	-0.0143	-0.1321	-0.3097	1.1466	0.3852	-0.1313	0.3313	0.0242	0.0492	0.492	-0.0522	0.6137	42.9353	6.1013	44.7573
3	3.2626	-0.4139	0.8392	1.5627	-0.4021	1.0325	-0.0998	0.4591	0.2066	-0.0483	-0.0627	-0.5486	-0.0512	0.2865	0.127	0.3012	0.0118	0.0211	0.3176	0.0771	0.3505	36.2257	17.8038	43.5043
4	3.548	-0.0264	0.1909	2.954	1.3516	1.7418	-0.0258	0.0558	-0.5253	0.4207	-0.0945	-0.0142	0.4403	0.0779	0.0819	0.2093	-0.0251	0.0183	0.2391	0.0469	0.2951	11.6085	14.4252	42.0317
5	1.6728	-0.3599	0.4245	2.9052	0.1712	9.3149	0.1621	-0.0671	0.1087	-0.0299	-0.2415	0.6407	-0.3773	-0.3612	-0.0025	0.175	-0.0989	0.0813	0.2784	0.0866	0.5107	2.2817	23.7881	45.4342
6	1.6369	-0.5677	-0.9638	4.011	-0.1682	3.2053	0.0041	0.1702	-0.1788	-0.1615	-0.2226	-0.2079	-0.2051	-0.0233	0.2319	0.3148	-0.0541	-0.0096	0.2112	0.0948	0.6082	17.9289	49.6298	43.2242
7	2.3034	-0.1157	-0.5259	3.4002	0.3529	2.0978	-0.2134	0.2402	-0.2745	0.6055	0.0223	-0.4998	-0.1384	-0.0612	0.1334	0.3498	-0.1156	-0.0972	0.2634	0.1449	0.3997	16.2223	45.7027	55.2717
8	2.5871	-1.7872	1.797	3.014	-1.0941	2.8261	0.3244	0.3214	-0.1046	0.1649	-0.5111	-0.9003	-0.6054	0.4977	0.2637	0.363	-0.1216	-0.0468	0.3855	0.1049	0.3718	17.4331	71.0295	36.166
9	2.0527	0.288	0.4482	2.3434	-0.2291	2.2447	0.1204	0.0539	0.2479	0.5427	-0.1079	0.2469	-0.3907	-0.0658	0.0009	0.3711	0.0452	-0.0302	0.1647	-0.0151	0.2715	3.3334	75.1852	43.9856
10	3.3876	-3.5514	2.6225	7.038	0.0489	4.9484	-0.0858	-0.7369	-0.2662	0.9738	0.1349	0.471	-0.5041	-0.9468	-0.0407	0.7059	-0.0135	-0.1228	0.4244	0.1259	0.5595	5.7226	69.4203	60.4751
11	8.1282	3.3909	-3.8261	5.9042	-0.9838	5.5237	0.3337	-0.9973	-0.272	1.4453	-0.2544	0.1038	-0.2338	0.1081	0.1518	0.828	0.1192	-0.0697	0.3796	0.0836	0.3975	3.587	81.283	55.3684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -2:49)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 50:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 85:183)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 184:313)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 314:345)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq -1:84)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 85:147)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 148:183)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 184:292)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 293:319)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 320:345)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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