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Yorodumi- PDB-6xq0: Human antibody S8V2-18 in complex with the influenza hemagglutini... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xq0 | ||||||||||||
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Title | Human antibody S8V2-18 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/California/7/2009(NYMC-X181)(H1N1) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2021 Title: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. Authors: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xq0.cif.gz | 539.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xq0.ent.gz | 444.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xq0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xq0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xq0_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6xq0_validation.xml.gz | 57 KB | Display | |
Data in CIF | 6xq0_validation.cif.gz | 80.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xq0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xpoC 6xpqC 6xprC 6xpxC 6xpyC 6xpzC 6xq2C 6xq4C 3ubeS 4lrnS 4u6vS 6e4xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules CFBE
#2: Antibody | Mass: 23608.309 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 25863.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules DA
#1: Protein | Mass: 25198.215 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: head domain (UNP residues 65-281) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/reassortant/NYMC X-181A(A/NYMC X-157 x California/07/2009)(H1N1)) Strain: A/reassortant/NYMC X-181A(A/NYMC X-157 x California/07/2009)(H1N1) Gene: HA / Cell line (production host): BTI-Tn-5B1-4 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: I6T519 #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 2 types, 643 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 25% w/v PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2018 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→44.88 Å / Num. obs: 62605 / % possible obs: 95.24 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 38.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1086 / Rpim(I) all: 0.07681 / Rrim(I) all: 0.1337 / Net I/σ(I): 8.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.383 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6738 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 6233 / CC1/2: 0.683 / CC star: 0.901 / Rpim(I) all: 0.4714 / Rrim(I) all: 0.8263 / % possible all: 96.14 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entries 3UBE, 4U6V, 4LRN, & 6E4X Resolution: 2.3→44.88 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 196.28 Å2 / Biso mean: 43.3466 Å2 / Biso min: 17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→44.88 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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