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Yorodumi- PDB-6xpy: Human antibody S1V2-58 in complex with the influenza hemagglutini... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xpy | ||||||||||||
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Title | Human antibody S1V2-58 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/Texas/50/2012(H3N2) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / antibody antigen complex / hemagglutinin / virus / influenza / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.603 Å | ||||||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2021 Title: A Prevalent Focused Human Antibody Response to the Influenza Virus Hemagglutinin Head Interface. Authors: McCarthy, K.R. / Lee, J. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Robinson-McCarthy, L.R. / Georgiou, G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xpy.cif.gz | 305.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xpy.ent.gz | 250.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xpy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xpy_validation.pdf.gz | 959.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6xpy_full_validation.pdf.gz | 972.4 KB | Display | |
Data in XML | 6xpy_validation.xml.gz | 27.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6xpy_validation.cif.gz | 36.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xpoC 6xpqC 6xprC 6xpxC 6xpzC 6xq0C 6xq2C 6xq4C 5w08S 6e4xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32618.846 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Texas/50/2012(H3N2) / Gene: HA, L998_47834gpHA / Cell line (production host): BTI-Tn-5B1-4 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: R4L1D1 | ||||
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#2: Antibody | Mass: 23493.041 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: antibody kappa chain / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#3: Antibody | Mass: 25423.439 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: antibody heavy chain / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.97 Å3/Da / Density % sol: 69 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 10.5 / Details: 30% (v/v) PEG 400, 0.1M CAPS, pH 10.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.603→48.214 Å / Num. obs: 15283 / % possible obs: 99.49 % / Redundancy: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.04303 / Rrim(I) all: 0.1184 / Net I/σ(I): 13.82 |
Reflection shell | Resolution: 3.603→3.732 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8952 / Num. unique obs: 11109 / CC1/2: 0.867 / CC star: 0.964 / Rpim(I) all: 0.3439 / Rrim(I) all: 0.9602 / % possible all: 98.24 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W08, 6E4X Resolution: 3.603→48.214 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 37.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 320.56 Å2 / Biso mean: 163.2586 Å2 / Biso min: 70.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.603→48.214 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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