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Yorodumi- PDB-5w08: A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5w08 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab influenza neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationimmunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2018Title: Memory B Cells that Cross-React with Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses Are Abundant in Adult Human Repertoires. Authors: McCarthy, K.R. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Do, K.T. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Kepler, T.B. / Schmidt, A.G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5w08.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5w08.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5w08.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5w08_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5w08_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 5w08_validation.xml.gz | 163.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5w08_validation.cif.gz | 219.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/5w08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/5w08 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5w0dC ![]() 3tnnS ![]() 4hkxS ![]() 4o5nS ![]() 4wukS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 6 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 32618.846 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 53-335 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2))Strain: A/Texas/50/2012(H3N2) / Gene: HA, L998_47834gpHA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: R4L1D1 |
|---|
-Antibody , 2 types, 12 molecules GIKMOQHJLNPR
| #2: Antibody | Mass: 26533.676 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: S6C4S0#3: Antibody | Mass: 22404.666 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6IPQ0 |
|---|
-Sugars , 3 types, 26 molecules 
| #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 723 molecules 


| #7: Chemical | ChemComp-GOL / |
|---|---|
| #8: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.999876 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2016 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.999876 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 182963 / % possible obs: 99.17 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 46.52 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.2753 / Rpim(I) all: 0.1077 / Rrim(I) all: 0.2967 / Net I/σ(I): 8.29 |
| Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 18367 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 1.036 / Rrim(I) all: 2.84 / % possible all: 99.78 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entries 4O5N, 4WUK, 4HKX, 3TNN Resolution: 2.6→49.413 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.43 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.413 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Influenza A virus
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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