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- PDB-5w08: A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w08 | |||||||||
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Title | A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab | |||||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab influenza neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | ![]() immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / viral budding from plasma membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / viral budding from plasma membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Memory B Cells that Cross-React with Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses Are Abundant in Adult Human Repertoires. Authors: McCarthy, K.R. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Do, K.T. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Kepler, T.B. / Schmidt, A.G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 219.5 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5w0dC ![]() 3tnnS ![]() 4hkxS ![]() 4o5nS ![]() 4wukS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 32618.846 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 53-335 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: A/Texas/50/2012(H3N2) / Gene: HA, L998_47834gpHA / Production host: ![]() |
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-Antibody , 2 types, 12 molecules GIKMOQHJLNPR
#2: Antibody | Mass: 26533.676 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 22404.666 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 26 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 723 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999876 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 182963 / % possible obs: 99.17 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 46.52 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.2753 / Rpim(I) all: 0.1077 / Rrim(I) all: 0.2967 / Net I/σ(I): 8.29 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 18367 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 1.036 / Rrim(I) all: 2.84 / % possible all: 99.78 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 4O5N, 4WUK, 4HKX, 3TNN Resolution: 2.6→49.413 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.413 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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