PDB-4wuk: Crystal structure of apo CH65 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wuk

タイトル

Crystal structure of apo CH65 Fab

要素

CH65 heavy chain
CH65 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lee, P.S. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the apo anti-influenza CH65 Fab.
著者: Lee, P.S. / Arnell, A.J. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2014年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Other
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wuk.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wuk.ent.gz	148.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wuk_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wuk_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	4wuk_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4wuk_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sm5 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1aj7-d 5mu0-1 2gfb-6 5b6f-3 5dqj-1 1m7d-d 5ihz-3 5k9j-d 5vh4-1 4gaj-d 6wx2-2 5yup-d 2ajy-d 2dtm-d 4yhn-1 4yhi-2 1ruq-d 5mv3-2 2uyl-4 4rfe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CH65 heavy chain

L: CH65 light chain

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.095, 67.024, 130.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	CH65 heavy chain 分子量: 25406.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体	CH65 light chain 分子量: 22720.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 55829 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3sm5

3sm5
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.7→46.763 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	2802	5.06 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1819	55419	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	26	348	3645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	4720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.919	1241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6993-1.7286	0.3488	135	0.2815	2421	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7286-1.76	0.252	125	0.2305	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.7939	0.2689	146	0.1969	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7939-1.8305	0.2313	146	0.1889	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8305-1.8703	0.225	142	0.1936	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8703-1.9138	0.3055	142	0.2635	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9138-1.9617	0.3873	133	0.336	2485	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9617-2.0147	0.1913	143	0.1904	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0147-2.074	0.2306	166	0.2135	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.074-2.1409	0.2325	138	0.2026	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1409-2.2174	0.2007	139	0.1718	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2174-2.3062	0.27	141	0.2608	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3062-2.4112	0.2123	134	0.1756	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4112-2.5383	0.2147	131	0.1866	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5383-2.6973	0.2367	137	0.1926	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6973-2.9055	0.2287	143	0.1991	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9055-3.1979	0.1914	139	0.1793	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1979-3.6605	0.1896	134	0.1596	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6605-4.6112	0.1554	141	0.1256	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6112-46.7804	0.1427	147	0.1418	2862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5378	0.5481	-0.6828	1.5922	-1.0144	2.1735	0.0128	-0.0243	-0.0156	0.0187	0.0315	-0.0321	-0.0305	0.032	-0.0388	0.1352	0.0189	0.0136	0.1265	-0.0061	0.0778	20.923	-17.707	-65.38
2	2.4694	-1.0155	-0.5753	4.4982	1.5352	2.0911	0.0422	-0.0976	0.1605	0.0694	-0.0483	0.2357	-0.0227	-0.0846	0.0061	0.2029	0.0048	0.0003	0.1302	0.0066	0.1219	-5.375	-15.886	-35.027
3	3.7099	-2.6556	-1.2297	2.431	0.777	2.0319	0.0044	0.0195	0.5999	0.1222	0.1075	-0.1963	-0.4407	-0.0379	-0.0745	0.305	0.0065	0.0519	0.1513	0.0204	0.2521	17.009	3.256	-64.057
4	1.6431	-0.7064	0.9827	3.5412	-1.7942	3.2284	0.0659	-0.0406	0.0115	0.0879	-0.1454	-0.1831	0.0229	0.1041	0.098	0.211	-0.003	0.0378	0.1176	-0.0191	0.1354	7.579	-5.789	-34.451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resid 1:113	H	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resid 114:300	H	114 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and resid 1:107	L	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and resid 108:300	L	108 - 300

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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