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Yorodumi- PDB-6e56: Human antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Ai... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6.0E+56 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Human antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Aichi/2/1968 (X-31) (H3N2) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationimmunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||||||||
Authors | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019Title: Antibodies to a Conserved Influenza Head Interface Epitope Protect by an IgG Subtype-Dependent Mechanism. Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / ...Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / Urick, P. / Kepler, T.B. / Takahashi, Y. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6e56.cif.gz | 578.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6e56.ent.gz | 476.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6e56.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 6e56_validation.pdf.gz | 755.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6e56_full_validation.pdf.gz | 761.5 KB | Display | |
| Data in XML | 6e56_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6e56_validation.cif.gz | 47.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/6e56 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6e4xC ![]() 4fp8S ![]() 4yk4S ![]() 5y11S ![]() 6b0aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules DA
| #1: Protein | Mass: 31993.994 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: head domain (UNP residues 53-335) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Aichi/2/1968 H3N2 / Gene: HA / Plasmid: pFB / Cell line (production host): Hi5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P03437 |
|---|
-Antibody , 2 types, 4 molecules HGIJ
| #2: Antibody | Mass: 26955.842 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGHV3-23*01 / Plasmid: pVRC / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human)#3: Antibody | Mass: 23577.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGKV3-15*01 / Plasmid: pVRC / Cell line (production host): 293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6PIL8 |
|---|
-Sugars , 2 types, 3 molecules 
| #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
|---|---|
| #5: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 891 molecules 


| #6: Chemical | | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20% w/v PEG2000 MME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2018 |
| Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) side bounce / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→48.851 Å / Num. obs: 117279 / % possible obs: 99.38 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1061 / Net I/σ(I): 10.67 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1214 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 66956 / CC1/2: 0.544 / % possible all: 99.92 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entries 6B0A, 4FP8, 5Y11, 4YK4 Resolution: 2→48.851 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.34
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.851 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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