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- PDB-6e56: Human antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Ai... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6.0E+56 | ||||||||||||
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Title | Human antibody H2214 in complex with influenza hemagglutinin A/Aichi/2/1968 (X-31) (H3N2) | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane ...viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | McCarthy, K.R. / Harrison, S.C. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Antibodies to a Conserved Influenza Head Interface Epitope Protect by an IgG Subtype-Dependent Mechanism. Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / ...Authors: Watanabe, A. / McCarthy, K.R. / Kuraoka, M. / Schmidt, A.G. / Adachi, Y. / Onodera, T. / Tonouchi, K. / Caradonna, T.M. / Bajic, G. / Song, S. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Feng, F. / Urick, P. / Kepler, T.B. / Takahashi, Y. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 47.1 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6e4xC ![]() 4fp8S ![]() 4yk4S ![]() 5y11S ![]() 6b0aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules DA
#1: Protein | Mass: 31993.994 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: head domain (UNP residues 53-335) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HGIJ
#2: Antibody | Mass: 26955.842 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23577.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 3 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 891 molecules ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20% w/v PEG2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2018 |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) side bounce / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.851 Å / Num. obs: 117279 / % possible obs: 99.38 % / Redundancy: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1061 / Net I/σ(I): 10.67 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1214 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 66956 / CC1/2: 0.544 / % possible all: 99.92 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 6B0A, 4FP8, 5Y11, 4YK4 Resolution: 2→48.851 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.851 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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