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- PDB-6uig: Crystal structure of human monoclonal antibody H7.200 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uig
タイトルCrystal structure of human monoclonal antibody H7.200 in complex with H7N9 hemagglutinin HA1
要素
  • H7.200 Fab heavy chain
  • H7.200 Fab light chain
  • Hemagglutinin
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / influenza A / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2020
タイトル: Anti-influenza H7 human antibody targets antigenic site in hemagglutinin head domain interface.
著者: Dong, J. / Gilchuk, I. / Li, S. / Irving, R. / Goff, M.T. / Turner, H.L. / Ward, A.B. / Carnahan, R.H. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Hemagglutinin
H: H7.200 Fab heavy chain
L: H7.200 Fab light chain
A: Hemagglutinin
B: H7.200 Fab heavy chain
C: H7.200 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,2168
ポリマ－162,7746
非ポリマー4422
水00
1
G: Hemagglutinin
H: H7.200 Fab heavy chain
L: H7.200 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6084
ポリマ－81,3873
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin
B: H7.200 Fab heavy chain
C: H7.200 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6084
ポリマ－81,3873
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.493, 156.493, 229.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 33755.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2013(H7N9) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A4Y5QYN9, UniProt: R4NN21*PLUS
#2: 抗体 H7.200 Fab heavy chain


分子量: 24268.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 H7.200 Fab light chain


分子量: 23362.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 10% isopropanol, 22% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.821 Å / Num. obs: 47601 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.607 / Num. unique obs: 6843

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N5J

4n5j


解像度: 3.2→49.821 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 2377 5 %
Rwork0.2072 45125 -
obs0.2085 47502 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.14 Å2 / Biso mean: 88.0847 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10205 0 28 0 10233
Biso mean--154.54 --
残基数----1395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2001-3.26540.37411530.34862607100
3.2654-3.33640.3381400.31272594100
3.3364-3.4140.34181270.28472628100
3.414-3.49930.28021350.27112613100
3.4993-3.59390.30611390.27122610100
3.5939-3.69960.29651300.26722655100
3.6996-3.8190.32651500.2432609100
3.819-3.95550.26431300.22522644100
3.9555-4.11380.23991370.20472636100
4.1138-4.30090.2091640.18092607100
4.3009-4.52750.18821440.15672639100
4.5275-4.81090.18821410.14872661100
4.8109-5.1820.16541480.14742655100
5.182-5.70290.2231530.17022671100
5.7029-6.52650.23361200.19922731100
6.5265-8.21670.22531360.21892743100
8.2167-49.8210.20051300.2154282297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.3364 Å / Origin y: -38.6148 Å / Origin z: 29.3136 Å
111213212223313233
T0.5643 Å2-0.0468 Å20.0484 Å2-0.5582 Å20.0735 Å2--0.6118 Å2
L0.3598 °2-0.0036 °20.0306 °2-0.3986 °20.0734 °2--0.6474 °2
S0.0068 Å °-0.0339 Å °-0.028 Å °-0.0444 Å °0.0361 Å °-0.0096 Å °0.0614 Å °0.0304 Å °-0.0415 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allG32 - 300
2X-RAY DIFFRACTION1allG301
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 221
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 212
5X-RAY DIFFRACTION1allA32 - 300
6X-RAY DIFFRACTION1allA301
7X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 222
8X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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