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- PDB-3d3c: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d3c | ||||||
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Title | Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex. | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / NusB / S10 / NusE / Nut / phage lambda / lambda N antitermination / rrn antitermination / transcription regulation / RNA-binding / Transcription termination / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein | ||||||
Function / homology | ![]() transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding ...transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / structural constituent of ribosome / RNA binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, X. / Wahl, M.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex. Authors: Luo, X. / Hsiao, H.H. / Bubunenko, M. / Weber, G. / Court, D.L. / Gottesman, M.E. / Urlaub, H. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 141.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 113.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d3bSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 15838.095 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: K2E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 9652.153 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: A86D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | RESIDUES 46-67 OF CHAINS J,K,L ARE REPLACED WITH A SINGLE SER. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.1 Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.1, 0.2 M ammonium sulfate, 25 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 39315 / Num. obs: 26358 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 3D3B Resolution: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.962 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.78 / ESU R Free: 0.347 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.323 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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