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- PDB-3d3b: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d3b | ||||||
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Title | Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex. | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / NusB / S10 / NusE / Nut site / phage lambda / lambdaN antitermination / rrn antitermination / transcription control / RNA-binding / Transcription regulation / Transcription termination / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein | ||||||
Function / homology | ![]() transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation ...transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / RNA binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luo, X. / Wahl, M.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex. Authors: Luo, X. / Hsiao, H.H. / Bubunenko, M. / Weber, G. / Court, D.L. / Gottesman, M.E. / Urlaub, H. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 55.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 453.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d3cC ![]() 1j5eS ![]() 1tzvS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15838.095 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K2E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 9608.144 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | RESIDUES 46-67 OF CHAIN J ARE REPLACED WITH A SINGLE SER. | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.8 Details: 0.1 M CHES, pH 8.8, 18 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9051 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→30 Å / Num. all: 56411 / Num. obs: 56411 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.4 Å / Redundancy: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 1TZV and PDB ID 1J5E (chain J) Resolution: 1.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.648 / SU ML: 0.034 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.057 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.51 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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