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Yorodumi- PDB-7dm2: crystal structure of the M. tuberculosis phosphate ABC transport ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dm2 | ||||||
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Title | crystal structure of the M. tuberculosis phosphate ABC transport receptor PstS-1 in complex with Fab p4-170 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / complex / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region ...phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Ma, B. / Freund, N. / Xiang, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Human antibodies targeting a Mycobacterium transporter protein mediate protection against tuberculosis. Authors: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, ...Authors: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, H. / Barkan, D. / Xiang, Y. / Javid, B. / Freund, N.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dm2.cif.gz | 306.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dm2.ent.gz | 246 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dm2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dm2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7dm2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7dm2_validation.xml.gz | 32.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7dm2_validation.cif.gz | 46.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dm2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7dm1C 1pc3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37023.113 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: H37Rv / Gene: pstS1, phoS1, Rv0934, MTCY08D9.05c / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): K-12 / References: UniProt: P9WGU1 |
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#2: Antibody | Mass: 23262.723 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 24600.461 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→54.86 Å / Num. obs: 35104 / % possible obs: 75.5 % / Redundancy: 2.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 76615 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1pc3 Resolution: 2.4→28.08 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / Phase error: 23.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.43 Å2 / Biso mean: 36.3466 Å2 / Biso min: 10.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→28.08 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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