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Yorodumi- PDB-7dm1: crystal structure of the M.tuberculosis phosphate ABC transport r... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7dm1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | crystal structure of the M.tuberculosis phosphate ABC transport receptor PstS-1 in complex with Fab p4-36 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPROT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / complex / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPROT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region ...phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Ma, B. / Freund, N. / Xiang, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021Title: Human antibodies targeting a Mycobacterium transporter protein mediate protection against tuberculosis. Authors: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, ...Authors: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, H. / Barkan, D. / Xiang, Y. / Javid, B. / Freund, N.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7dm1.cif.gz | 605.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7dm1.ent.gz | 500.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7dm1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7dm1_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7dm1_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 7dm1_validation.xml.gz | 64.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7dm1_validation.cif.gz | 93.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/7dm1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7dm2C ![]() 1pc3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 37023.113 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Strain: H37Rv / Gene: pstS1, phoS1, Rv0934, MTCY08D9.05c / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23325.670 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Antibody | Mass: 25040.920 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.22 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M sodium iodide, 22% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.07→92.6 Å / Num. obs: 110145 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 343045 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1pc3 Resolution: 2.1→92.6 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 24.96 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 91.47 Å2 / Biso mean: 39.1833 Å2 / Biso min: 3.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→92.6 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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