[日本語] English
万見
- PDB-5y11: SFTSV GN with neutralizing antibody MAb4-5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y11
タイトルSFTSV GN with neutralizing antibody MAb4-5
要素
  • MAb 4-5 heavy chain
  • MAb 4-5 light chain
  • Membrane glycoprotein polyprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL SYSTEM / SFTSV / GN / NEUTRALIZING ANTIBODY / PHLEBOVIRUS / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe fever with thrombocytopenia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, Y. / Gao, F. / Qi, J.X. / Chai, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of phlebovirus glycoprotein Gn and identification of a neutralizing antibody epitope
著者: Wu, Y. / Zhu, Y.H. / Gao, F. / Jiao, Y.J. / Oladejo, B.O. / Chai, Y. / Bi, Y.H. / Lu, S. / Dong, M.Q. / Zhang, C. / Huang, G.M. / Wong, G. / Li, N. / Zhang, Y.F. / Li, Y. / Feng, W.H. / Shi, ...著者: Wu, Y. / Zhu, Y.H. / Gao, F. / Jiao, Y.J. / Oladejo, B.O. / Chai, Y. / Bi, Y.H. / Lu, S. / Dong, M.Q. / Zhang, C. / Huang, G.M. / Wong, G. / Li, N. / Zhang, Y.F. / Li, Y. / Feng, W.H. / Shi, Y. / Liang, M.F. / Zhang, R.G. / Qi, J.X. / Gao, G.F.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAb 4-5 heavy chain
B: MAb 4-5 light chain
C: Membrane glycoprotein polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4695
ポリマ－84,4583
非ポリマー1,0112
水11,476637
1
C: Membrane glycoprotein polyprotein
ヘテロ分子

A: MAb 4-5 heavy chain
B: MAb 4-5 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4695
ポリマ－84,4583
非ポリマー1,0112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area33740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.605, 103.194, 112.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 MAb 4-5 heavy chain


分子量: 24701.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体 MAb 4-5 light chain


分子量: 24388.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 638分子 C

#3: タンパク質 Membrane glycoprotein polyprotein


分子量: 35367.039 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 20-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe fever with thrombocytopenia virus (ウイルス)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A1L2DAC8, UniProt: W8GRF8*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3M potassium/sodium tartrate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 56517 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Num. unique obs: 5327 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.753 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 2865 5.08 %
Rwork0.1689 --
obs0.1709 56449 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 67 637 6480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0148151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8123557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051040
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0963-2.13240.26061410.19332402X-RAY DIFFRACTION91
2.1324-2.17120.2461490.18622574X-RAY DIFFRACTION97
2.1712-2.21290.27131530.18662613X-RAY DIFFRACTION99
2.2129-2.25810.26281410.20212656X-RAY DIFFRACTION100
2.2581-2.30720.22911300.19132690X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.36090.21811350.18292684X-RAY DIFFRACTION100
2.3609-2.41990.23111490.18242669X-RAY DIFFRACTION100
2.4199-2.48530.2381270.17892675X-RAY DIFFRACTION100
2.4853-2.55840.27341600.18092653X-RAY DIFFRACTION100
2.5584-2.6410.21991380.18522685X-RAY DIFFRACTION100
2.641-2.73540.24671540.17642687X-RAY DIFFRACTION100
2.7354-2.84480.22641570.18532662X-RAY DIFFRACTION100
2.8448-2.97430.23031490.1842672X-RAY DIFFRACTION100
2.9743-3.1310.20411290.17922723X-RAY DIFFRACTION100
3.131-3.32710.21021310.16792726X-RAY DIFFRACTION100
3.3271-3.58380.19641610.15542693X-RAY DIFFRACTION100
3.5838-3.94410.16691330.1492724X-RAY DIFFRACTION100
3.9441-4.51410.16911380.12982746X-RAY DIFFRACTION100
4.5141-5.68450.14781290.14382789X-RAY DIFFRACTION100
5.6845-38.75940.21541610.18862861X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.4729 Å / Origin y: -26.9557 Å / Origin z: -16.9957 Å
111213212223313233
T0.1709 Å2-0.0073 Å20.0033 Å2-0.1937 Å20.0208 Å2--0.1668 Å2
L0.1744 °2-0.2003 °2-0.0465 °2-0.5986 °20.1958 °2--0.0933 °2
S-0.0047 Å °0.0175 Å °0.0337 Å °0.0079 Å °0.0162 Å °-0.0255 Å °-0.0021 Å °0.007 Å °-0.0109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る