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- PDB-6p3s: Crystal structure of human Fab H5.28 in complex with influenza A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3s
タイトルCrystal structure of human Fab H5.28 in complex with influenza A H5N1 Vietnam hemagglutinin head domain
要素
  • (Human Fab H5.28 ...) x 2
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / human monoclonal antibody / antigen-antibody complex / influenza A virus / H5N1 vietnam / hemagglutinin / head domain / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5U19AI117905-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of human Fab H5.28 in complex with influenza A H5N1 Vietnam hemagglutinin head domain
著者: Dong, J. / Crowe, J.E.
履歴
登録2019年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Human Fab H5.28 heavy chain
B: Human Fab H5.28 light chain
C: Human Fab H5.28 heavy chain
D: Human Fab H5.28 light chain
E: Hemagglutinin
F: Human Fab H5.28 heavy chain
G: Human Fab H5.28 light chain
H: Hemagglutinin
I: Human Fab H5.28 heavy chain
J: Human Fab H5.28 light chain
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
M: Human Fab H5.28 heavy chain
N: Human Fab H5.28 light chain
O: Hemagglutinin
P: Human Fab H5.28 heavy chain
Q: Human Fab H5.28 light chain
R: Hemagglutinin
S: Human Fab H5.28 heavy chain
T: Human Fab H5.28 light chain
U: Hemagglutinin
V: Human Fab H5.28 heavy chain
W: Human Fab H5.28 light chain
X: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,22837
ポリマ－584,89624
非ポリマー11,33213
水00
1
A: Human Fab H5.28 heavy chain
B: Human Fab H5.28 light chain
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3325
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,2202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Human Fab H5.28 heavy chain
D: Human Fab H5.28 light chain
E: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5174
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,4051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Human Fab H5.28 heavy chain
G: Human Fab H5.28 light chain
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7195
ポリマ－73,1123
非ポリマー2,6072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Human Fab H5.28 heavy chain
J: Human Fab H5.28 light chain
K: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5174
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,4051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Human Fab H5.28 heavy chain
N: Human Fab H5.28 light chain
O: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7385
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,6262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: Human Fab H5.28 heavy chain
Q: Human Fab H5.28 light chain
R: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3325
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,2202
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
S: Human Fab H5.28 heavy chain
T: Human Fab H5.28 light chain
U: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3334
ポリマ－73,1123
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
V: Human Fab H5.28 heavy chain
W: Human Fab H5.28 light chain
X: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7385
ポリマ－73,1123
非ポリマー1,6262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.480, 187.225, 342.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 EHKLORUX

#3: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 25162.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/32/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Vietnam/32/2004(H5N1) / 遺伝子: HA / Variant: A/chicken/Vietnam/32/2004(H5N1) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1KHK2

-
抗体 , 2種, 16分子 ACFIMPSVBDGJNQTW

#1: 抗体
Human Fab H5.28 heavy chain


分子量: 24616.691 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Human Fab H5.28 light chain


分子量: 23332.842 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 9種, 13分子

#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1405.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1405.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-2-1-3-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1202.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpa1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1a_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2-3-4-5/a4-b1_b6-c1_c2-d1_d4-e1_e6-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1405.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpa1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-2-1-3-4/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpb1-6DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a1122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-4/a6-b1_b2-c1_c4-d1_d6-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1405.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpb1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-4-5-6/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpb1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,5,4/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4-5/a6-b1_b2-c1_c4-d1_d6-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1405.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-4-5-6/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1_f6-g2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 8% PEG 8000, 0.5 M Ca(OAC)2, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→49.46 Å / Num. obs: 74362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.625 / Num. unique obs: 10717

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNQ, 4GSD

4xnq

4gsd


解像度: 4→49.46 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 3660 4.93 %
Rwork0.281 --
obs0.283 74234 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31337 0 760 0 32097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54345423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.50718840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.05260.33511090.3022703X-RAY DIFFRACTION100
4.0526-4.10810.30971380.30982695X-RAY DIFFRACTION100
4.1081-4.16680.37881230.30792678X-RAY DIFFRACTION100
4.1668-4.22890.33811430.30512704X-RAY DIFFRACTION100
4.2289-4.2950.34421260.27822656X-RAY DIFFRACTION100
4.295-4.36540.36031570.28822700X-RAY DIFFRACTION100
4.3654-4.44060.29881330.26952689X-RAY DIFFRACTION100
4.4406-4.52130.28411400.24352694X-RAY DIFFRACTION100
4.5213-4.60820.2841240.25662685X-RAY DIFFRACTION100
4.6082-4.70220.32681510.26042698X-RAY DIFFRACTION100
4.7022-4.80430.28961450.25182684X-RAY DIFFRACTION100
4.8043-4.9160.3041550.25942691X-RAY DIFFRACTION100
4.916-5.03880.3381360.26392685X-RAY DIFFRACTION100
5.0388-5.17490.27971590.26782661X-RAY DIFFRACTION100
5.1749-5.3270.33181270.26552718X-RAY DIFFRACTION100
5.327-5.49880.32861280.27752727X-RAY DIFFRACTION100
5.4988-5.6950.34441420.29282692X-RAY DIFFRACTION100
5.695-5.92270.38021390.30182734X-RAY DIFFRACTION100
5.9227-6.19180.33411330.2942721X-RAY DIFFRACTION100
6.1918-6.51750.40351660.29482700X-RAY DIFFRACTION100
6.5175-6.92480.31221400.30492722X-RAY DIFFRACTION100
6.9248-7.45780.40511550.3122740X-RAY DIFFRACTION100
7.4578-8.20530.31641450.29052743X-RAY DIFFRACTION100
8.2053-9.38560.2931350.25052789X-RAY DIFFRACTION100
9.3856-11.79830.22451570.22332775X-RAY DIFFRACTION99
11.7983-49.46140.39441540.34812890X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.0179 Å / Origin y: 18.4371 Å / Origin z: -48.9677 Å
111213212223313233
T0.4521 Å20.0335 Å2-0.0622 Å2-0.5952 Å20.0284 Å2--0.4416 Å2
L0.0387 °20.0081 °2-0.1407 °2-0.1735 °20.0786 °2--0.3272 °2
S0.0945 Å °0.032 Å °-0.0086 Å °0.0071 Å °-0.0717 Å °0.0649 Å °-0.0743 Å °-0.2764 Å °-0.0193 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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