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Yorodumi- PDB-3pgf: Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pgf | |||||||||
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Title | Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally specific synthetic antigen binder (sAB) | |||||||||
Components |
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Keywords | MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN/DE NOVO PROTEIN / Maltodextrin binding protein / FAB / antibody fragment / engineered binding protein / MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN-DE NOVO PROTEIN complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / immunoglobulin complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / immunoglobulin complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / adaptive immune response / periplasmic space / DNA damage response / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Kossiakoff, A.A. / Duguid, E.M. / Sandstrom, A. | |||||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Allosteric control of ligand-binding affinity using engineered conformation-specific effector proteins. Authors: Rizk, S.S. / Paduch, M. / Heithaus, J.H. / Duguid, E.M. / Sandstrom, A. / Kossiakoff, A.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pgf.cif.gz | 339 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pgf.ent.gz | 273 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pgf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 24669.441 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DKFZp686P15220, ighg / Plasmid: pfab007 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): actt 55244 (derived from w3110) / References: UniProt: P0DOX5 |
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#3: Antibody | Mass: 23330.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: igk, IGK@ / Plasmid: pfab007 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): actt 55244 (derived from w3110) / References: UniProt: Q8TCD0 |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 44175.613 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: r367n delta (368-370) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: malE, b4034, JW3994 / Plasmid: phft2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P0AEX9 |
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#4: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
-Non-polymers , 3 types, 404 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SAB HEAVY AND LIGHT CHAINS CONTAIN BOTH A VARIABLE DOMAIN REPRESENTED BY THE SEQUENCE SELF ...THE SAB HEAVY AND LIGHT CHAINS CONTAIN BOTH A VARIABLE DOMAIN REPRESENTE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 19% PEG 3400, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.07817 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07817 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→50 Å / Num. all: 78510 / Num. obs: 74893 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 46.6 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 1ANF and 2R8S Resolution: 2.1→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.785 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.1912 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.171 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.964 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→38.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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