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- PDB-5f96: Crystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f96
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody CH235.12 in complex with HIV-1 clade A/E 93TH057 gp120
要素
  • HEAVY CHAIN OF ANTIBODY CH235.12
  • LIGHT CHAIN OF ANTIBODY CH235.12
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Antibody / CH235 lineage / VH1-46 germline
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2407 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Maturation Pathway from Germline to Broad HIV-1 Neutralizer of a CD4-Mimic Antibody.
著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / ...著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / Morgan A Gladden / Kwan-Ki Hwang / Sheelah Iyengar / Amit Kumar / Xiaozhi Lu / Kan Luo / Michael C Mangiapani / Robert J Parks / Hongshuo Song / Priyamvada Acharya / Robert T Bailer / Allen Cao / Aliaksandr Druz / Ivelin S Georgiev / Young D Kwon / Mark K Louder / Baoshan Zhang / Anqi Zheng / Brenna J Hill / Rui Kong / Cinque Soto / / James C Mullikin / Daniel C Douek / David C Montefiori / Michael A Moody / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Garnett Kelsoe / Peter T Hraber / Bette T Korber / Scott D Boyd / Andrew Z Fire / Thomas B Kepler / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / John R Mascola / Hua-Xin Liao / Peter D Kwong / Barton F Haynes /
要旨: Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling ...Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling from time-of-infection the development of a VH1-46-derived antibody lineage that matured to neutralize 90% of HIV-1 isolates. Structures of lineage antibodies CH235 (week 41 from time-of-infection, 18% breadth), CH235.9 (week 152, 77%), and CH235.12 (week 323, 90%) demonstrated the maturing epitope to focus on the conformationally invariant portion of the CD4bs. Similarities between CH235 lineage and five unrelated CD4bs lineages in epitope focusing, length-of-time to develop breadth, and extraordinary level of somatic hypermutation suggested commonalities in maturation among all CD4bs antibodies. Fortunately, the required CH235-lineage hypermutation appeared substantially guided by the intrinsic mutability of the VH1-46 gene, which closely resembled VH1-2. We integrated our CH235-lineage findings with a second broadly neutralizing lineage and HIV-1 co-evolution to suggest a vaccination strategy for inducing both lineages.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: HEAVY CHAIN OF ANTIBODY CH235.12
L: LIGHT CHAIN OF ANTIBODY CH235.12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,35118
ポリマ－86,9823
非ポリマー3,36915
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.659, 69.869, 127.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF ANTIBODY CH235.12


分子量: 24319.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 詳細 (発現宿主): CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF ANTIBODY CH235.12


分子量: 23450.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 詳細 (発現宿主): CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 詳細 (発現宿主): CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): HEK293F GNTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 199分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5.5 % PEG 8000, 27% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryoprotected
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日 / 詳細: Mar300HS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 43941 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.125 / Net I/av σ(I): 15.5 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 86.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CH235-gp120 complex

解像度: 2.2407→34.549 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 1986 4.52 %Random selection
Rwork0.1903 41936 --
obs0.1922 43922 96.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.25 Å2 / Biso mean: 64.3414 Å2 / Biso min: 31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2407→34.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5968 0 213 196 6377
Biso mean--96.48 59.08 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9098663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2073790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2407-2.29680.30831130.2642401251479
2.2968-2.35880.28591400.26232873301393
2.3588-2.42820.35181270.25762987311497
2.4282-2.50660.32311640.25573026319099
2.5066-2.59620.291380.25283070320899
2.5962-2.70010.32461420.24693050319299
2.7001-2.82290.2891480.243630793227100
2.8229-2.97160.27761390.234930573196100
2.9716-3.15770.29961530.23530843237100
3.1577-3.40130.25731380.21343039317799
3.4013-3.74320.22491460.1843059320599
3.7432-4.2840.20661510.16913045319699
4.284-5.39410.16981440.14083079322398
5.3941-34.55310.20691430.1653087323097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.550.18321.74734.03150.82418.2784-0.00640.12530.3166-0.24270.0532-0.1322-0.53170.3369-0.03970.4183-0.0281-0.02970.34830.0390.491864.26973.498710.2713
27.35985.39930.99345.8765-0.68957.1067-0.99380.95190.6726-1.13370.56021.18010.2353-0.27770.41960.69650.0559-0.15240.3777-0.00540.791151.6162-11.0108-3.5799
30.28870.84740.47638.37072.2063.2217-0.0321-0.17730.20870.0659-0.0684-0.4432-0.41370.52830.11510.2974-0.0944-0.02790.47150.02450.575370.5121.404716.9938
42.69390.3841-0.26492.07331.05719.2357-0.19170.0385-0.3117-0.00220.0032-0.23430.36220.64370.13790.32490.0221-0.02640.34090.05570.457770.9197-17.394810.8932
53.89521.77490.53571.1592-1.4057.1336-0.1887-0.1647-0.33520.0378-0.1978-0.42340.13990.48530.4060.40750.16570.02020.30440.04260.541671.3951-23.490316.9041
67.7517-2.83940.59434.5506-0.00547.4671-0.16750.3405-0.3653-0.333-0.1197-0.04150.52410.48940.25790.4875-0.10770.11150.3192-0.00910.410863.1019-23.38512.3876
75.80841.8532-2.50853.74670.97632.09480.0658-0.3187-0.43610.4368-0.10190.05420.12280.33810.1160.28610.0911-0.06510.3782-0.01010.456768.4741-23.196518.2751
86.79965.16553.38329.25927.70368.53950.6177-0.258-0.38890.324-0.4741-0.31090.3959-0.3826-0.17660.3726-0.0313-0.07850.39390.14350.339964.7393-3.165617.1351
95.3979-2.07830.63715.9783-0.3086.2194-0.24020.6387-0.128-0.30140.00840.49410.3247-0.38590.22010.3948-0.093-0.06210.3888-0.03620.3838.2504-31.583525.3941
106.8215-0.1908-0.29293.3566-4.68476.6964-0.05360.61060.6854-0.41620.22920.97680.1277-0.2114-0.23630.43780.0081-0.06270.31960.01010.338745.5853-20.520425.6618
117.31162.8618-5.97042.1793-0.80137.1119-0.3926-0.3744-0.5042-0.087-0.0333-0.51510.58790.17130.33940.37260.0854-0.09370.2940.01760.356952.6264-28.03327.429
124.50362.4778-1.01645.221.1583.9126-0.26050.4942-0.0259-0.20890.04390.09140.327-0.13810.2470.29010.0255-0.05590.35490.03070.27145.9173-27.519726.7466
134.35393.1073-3.28997.791-1.85872.5015-0.4851-0.028-0.2219-0.273-0.00190.21771.3328-0.47940.44140.36930.0167-0.00640.4070.07940.492229.7664-50.14250.335
142.1940.7107-2.35224.0887-1.86738.0364-0.18660.11430.2689-0.09040.28350.24730.193-0.8146-0.04920.4097-0.0395-0.08310.44490.08580.655423.7446-42.970549.9281
154.45730.6869-3.10415.5602-0.4435.8188-0.1415-0.1464-0.02810.10130.31070.4920.3579-0.3519-0.10180.4584-0.0265-0.02770.46480.03750.636524.3705-49.272552.7085
162.1033-0.1967-0.66685.1501-3.43442.5677-0.3567-1.0152-0.06810.9080.23-0.09610.22440.6850.12310.5174-0.092-0.05770.5818-0.13930.410246.9996-20.81753.1214
173.34651.2878-4.0781.3386-1.61187.76810.1896-0.29520.39220.2915-0.03710.1989-0.41280.1554-0.1620.37410.0331-0.04090.3692-0.07940.429146.5769-17.143846.4807
183.647-0.2769-0.41158.91381.02513.6706-0.0074-0.5642-0.41530.0595-0.1909-0.00140.37990.13610.16650.42730.06790.01430.49850.10330.360537.5272-46.674758.598
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精密化 TLSグループ
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 144 through 166 )H0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 167 through 224 )H0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 18 )L0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 19 through 112 )L0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 113 through 149 )L0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 150 through 210 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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