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Yorodumi- PDB-3ngb: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ngb | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / gp120 / antibody / VRC01 / neutralization / vaccine / envelope glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.68 Å | ||||||||||||
Authors | Zhou, T. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2010 Title: Structural basis for broad and potent neutralization of HIV-1 by antibody VRC01. Authors: Zhou, T. / Georgiev, I. / Wu, X. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Finzi, A. / Do Kwon, Y. / Scheid, J.F. / Shi, W. / Xu, L. / Yang, Y. / Zhu, J. / Nussenzweig, M.C. / Sodroski, J. / Shapiro, L. / ...Authors: Zhou, T. / Georgiev, I. / Wu, X. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Finzi, A. / Do Kwon, Y. / Scheid, J.F. / Shi, W. / Xu, L. / Yang, Y. / Zhu, J. / Nussenzweig, M.C. / Sodroski, J. / Shapiro, L. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ngb.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ngb.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ngb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ngb_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ngb_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 3ngb_validation.xml.gz | 120.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3ngb_validation.cif.gz | 161.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3idxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules GADI
#1: Protein | Mass: 39211.434 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: 93TH057 / Description: HIV-1 gp120 with leader sequence / Gene: Env, pol / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q0ED31 |
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-Antibody , 2 types, 8 molecules HBEJLCFK
#2: Antibody | Mass: 24367.631 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Description: Codon-optimized human antibody heavy chain of VRC01 Gene: Heavy chain / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 23172.686 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Description: Codon-optimized human antibody light chain of VRC01 Gene: Light chain / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Sugars , 4 types, 63 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / #7: Sugar | ChemComp-BGC / |
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-Non-polymers , 2 types, 530 molecules
#8: Chemical | ChemComp-TRS / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.82656 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82656 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→50 Å / Num. obs: 97150 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Redundancy: 3.4 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3IDX Resolution: 2.68→49.733 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Overall / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.594 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→49.733 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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