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- PDB-6lnp: Crystal structure of citrate Biosensor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lnp
タイトルCrystal structure of citrate Biosensor
要素Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Biosensor / Genetically Encoded / Citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Green Fluorescent Protein ...Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta-Lactamase / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Green fluorescent protein / Sensor histidine kinase CitA
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.993 Å
データ登録者Wen, Y. / Campbell, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870132 中国
引用
ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2020
タイトル: High-Performance Intensiometric Direct- and Inverse-Response Genetically Encoded Biosensors for Citrate.
著者: Zhao, Y. / Shen, Y. / Wen, Y. / Campbell, R.E.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: High performance intensiometric direct- and inverse-response genetically encoded biosensors for citrate
著者: Zhao, Y. / Shen, Y. / Wen, Y. / Campbell, R.
履歴
登録2019年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA
D: Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1274
ポリマ－89,7432
非ポリマー3842
水00
1
B: Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0642
ポリマ－44,8721
非ポリマー1921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
2
D: Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0642
ポリマ－44,8721
非ポリマー1921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.410, 92.410, 123.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA


分子量: 44871.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: citA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52687, UniProt: P42212*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% Tacsimate pH 5.0, 12% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→46.205 Å / Num. obs: 20881 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / Num. unique obs: 2072 / CC1/2: 0.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GEL

6gel


解像度: 2.993→46.205 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1792 10.04 %
Rwork0.2227 --
obs0.2287 17843 85.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.84 Å2 / Biso mean: 51.3106 Å2 / Biso min: 18.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.993→46.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5552 0 26 0 5578
Biso mean--52.45 --
残基数----733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.993-3.07350.438150.35741239
3.0735-3.16390.3196470.305143230
3.1639-3.2660.34661110.2997102972
3.266-3.38270.34511610.28521436100
3.3827-3.51810.33751630.27041442100
3.5181-3.67820.30961620.2541425100
3.6782-3.8720.28491660.23261433100
3.872-4.11440.27231610.21161453100
4.1144-4.43190.23751630.18271433100
4.4319-4.87750.26931640.18641460100
4.8775-5.58220.25241580.19871450100
5.5822-7.0290.30381600.23021452100
7.029-46.2050.24741610.19971483100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.3291 Å / Origin y: 21.4665 Å / Origin z: -13.3081 Å
111213212223313233
T0.2856 Å2-0.0732 Å2-0.113 Å2-0.3938 Å20.1469 Å2--0.3531 Å2
L0.37 °20.2506 °20.2487 °2-0.36 °20.2813 °2--0.9143 °2
S0.1943 Å °-0.1006 Å °-0.3088 Å °-0.0592 Å °0.0867 Å °0.1901 Å °0.2697 Å °-0.1818 Å °-0.18 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB-11 - 361
2X-RAY DIFFRACTION1allD-12 - 361
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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