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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xoy | ||||||
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タイトル | Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with D-tryptophan and D-glycerol-3-phosphate | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / multi-enzyme complex allosteric enzyme product complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phillips, R.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives. 著者: Phillips, R.S. / Harris, A.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 340.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trpA, DD95_04145 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trpB / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 538分子 ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/VB4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/VB4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-1GP / | #5: 化合物 | ChemComp-VB4 / ( | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.05 M Bicine-Na, pH 7.8, 5 mM Na2EDTA, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, 1 mM spermine tetrahydrochloride, 10-12% PEG 3350, 6-10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→36.67 Å / Num. obs: 83399 / % possible obs: 93.28 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1088 / Rrim(I) all: 0.1298 / Net I/σ(I): 6.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.699 Å / Rmerge(I) obs: 2.02 / Mean I/σ(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 8135 / CC1/2: 0.218 / Rrim(I) all: 2.393 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2TSY.pdb 解像度: 1.64→36.67 Å / SU ML: 0.3067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2968 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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