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- PDB-6xar: Structure of CBL tyrosine kinase binding domain (TKBD) with C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xar
タイトルStructure of CBL tyrosine kinase binding domain (TKBD) with C-terminal tail of Src-like kinase protein 2 (SLAP2)
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
  • Src-like-adapter 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / adaptor / E3 ubiquitin ligase / activation / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation / response to testosterone / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / protein monoubiquitination / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / protein autoubiquitination / ephrin receptor binding / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / phosphotyrosine residue binding / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / response to activity / Spry regulation of FGF signaling / response to gamma radiation / Negative regulation of MET activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / cellular response to nerve growth factor stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / cellular response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / cilium / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / symbiont entry into host cell / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily ...Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / UBA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Isoform 2 of Src-like-adapter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Wybenga-Groot, L.E. / McGlade, C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-12859 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN166034 カナダ
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: SLAP2 Adaptor Binding Disrupts c-CBL Autoinhibition to Activate Ubiquitin Ligase Function.
著者: Wybenga-Groot, L.E. / Tench, A.J. / Simpson, C.D. / Germain, J.S. / Raught, B. / Moran, M.F. / McGlade, C.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Sleuthing biochemical evidence to elucidate unassigned electron density in a CBL-SLAP2 crystal complex
著者: Wybenga-Groot, L.E. / McGlade, C.J.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: Src-like-adapter 2
D: Src-like-adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8806
ポリマ－81,8004
非ポリマー802
水84747
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: Src-like-adapter 2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Proteins co-elute in gel filtration, isothermal titration calorimetry, assay for oligomerization, CBL co-purifies with SLAP2 by affinity purification
  • 40.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9403
ポリマ－40,9002
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
D: Src-like-adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9403
ポリマ－40,9002
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.730, 86.960, 65.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / RING- ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL / Signal transduction protein CBL


分子量: 38832.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55 / プラスミド: GST-CBL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P22681, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Src-like-adapter 2 / Src-like adapter protein 2 / SLAP-2


分子量: 2067.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sla2 / プラスミド: Trx-His(6)-mSLAP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R4L0-2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The mouse SLAP2 construct was degraded during crystallization. The originally expressed sequence, ...The mouse SLAP2 construct was degraded during crystallization. The originally expressed sequence, after tag cleavage, was GSQPERHKVTAVALGSFPAGEQARLSLRLGEPLTIISEDGDWWTVQSEVSGREYHMPSVY VAKVAHGWLYEGLSREKAEELLLLPGNPGGAFLIRESQTRRGCYSLSVRLSRPASWDRIR HYRIQRLDNGWLYISPRLTFPSLHALVEHYSELADGICCPLREPCVLQKLGPLPGKDTPP PVTVPTSSLNWKKLDRSLLFLEAPASGEASLLSEGLRESLSSYISLAEDPLDDA corresponding to residues 28-259 of SLAP2. Only residues 237-255 were observed in the electron density with the remainder presumably degraded.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CBL/SLAP2 complex mixed in hanging drop with equal volume (200 nL) of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% (w/v) PEG8000
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.323 Å / Num. obs: 20374 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.17 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.620.601283314470.570.530.8061.557.8
9.01-45.322.80.03913404860.9950.0270.04718.396.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.32 Å
Translation2.5 Å45.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIXdev精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B47

1b47


解像度: 2.501→45.323 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 943 5 %
Rwork0.2493 17926 -
obs0.2515 18869 83.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.68 Å2 / Biso mean: 48.5193 Å2 / Biso min: 16.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→45.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 2 47 5003
Biso mean--49.6 35.81 -
残基数----643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6026918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9731778
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.501-2.63240.3507490.310477126
2.6324-2.79730.3342960.3224200366
2.7973-3.01330.45071640.3374290696
3.0133-3.31640.34221570.29053060100
3.3164-3.79610.28221300.25363079100
3.7961-4.78190.25781810.21153042100
4.7819-45.3230.2451660.213306598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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