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- PDB-3bux: Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bux
タイトルCrystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in c-Met
要素
  • 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Cbl / TKB / ligase / signal transduction / proto-oncogene / complex / ATP-binding / Glycoprotein / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Transferase / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Calcium / Cytoplasm / Metal-binding / SH2 domain / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PTK2 signaling / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / response to starvation / positive chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / response to testosterone / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / semaphorin-plexin signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / boss receptor activity / stem cell factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / protein monoubiquitination / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / establishment of skin barrier / transmembrane-ephrin receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / fibroblast growth factor receptor activity / protein autoubiquitination / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / insulin receptor activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ephrin receptor binding / positive regulation of microtubule polymerization / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / liver development / molecular function activator activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / response to activity / excitatory postsynaptic potential / response to gamma radiation / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Spry regulation of FGF signaling / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Negative regulation of MET activity / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / male gonad development / neuron differentiation / protein polyubiquitination / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / UBA/TS-N domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Ubiquitin associated domain / ig-like, plexins, transcription factors / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor receptor / E3 ubiquitin-protein ligase CBL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for a novel intrapeptidyl H-bond and reverse binding of c-Cbl-TKB domain substrates
著者: Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5754
ポリマ－79,5754
非ポリマー00
水12,358686
1
A: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5961
ポリマ－1,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1921
ポリマ－38,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5961
ポリマ－1,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1921
ポリマ－38,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7882
ポリマ－39,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-5.4 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
6
C: 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7882
ポリマ－39,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.175, 104.800, 52.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene ...HGF receptor / Scatter factor receptor / SF receptor / HGF/SF receptor / Met proto-oncogene tyrosine kinase / c-Met


分子量: 1595.537 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 997-1009, pTyr-1003 phosphopeptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct / 参照: UniProt: P08581
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 2
断片: c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55
Plasmid details: Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15M malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 142289 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.608 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.44.90.236130010.35587.2
1.4-1.455.50.203137140.36391.8
1.45-1.5260.156140430.39893.9
1.52-1.66.30.119141380.43994.5
1.6-1.76.60.087142860.44795.4
1.7-1.836.80.067144040.48796.3
1.83-2.0270.053144780.61296.7
2.02-2.317.20.044146030.82297.6
2.31-2.917.20.034147910.7998.3
2.91-507.60.03148311.03697.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å29.1 Å
Translation1.6 Å29.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBL

2cbl


解像度: 1.35→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 11808
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2208 1.5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-130160 87 %-
溶媒の処理Bsol: 52.376 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 18.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.011 Å20 Å20.733 Å2
2--1.438 Å20 Å2
3---1.573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 0 686 5820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.112
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ptr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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