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- PDB-3buw: Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3buw
タイトルCrystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk
要素
  • 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Cbl / TKB / ligase / signal transduction / proto-oncogene / complex / Alternative splicing / ATP-binding / Host-virus interaction / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / SH2 domain / Transferase / Tyrosine-protein kinase / Ubl conjugation / Calcium / Cytoplasm / Metal-binding / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / positive regulation of interleukin-3 production / cellular response to lectin / B cell receptor complex ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / positive regulation of interleukin-3 production / cellular response to lectin / B cell receptor complex / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / positive regulation of mast cell degranulation / lymph vessel development / neutrophil activation involved in immune response / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / flotillin complex / cell activation / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / beta selection / cellular response to molecule of fungal origin / FLT3 signaling through SRC family kinases / early phagosome / leukotriene biosynthetic process / regulation of phagocytosis / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of DNA-binding transcription factor activity / macrophage activation involved in immune response / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of B cell differentiation / T cell receptor complex / leukocyte cell-cell adhesion / mast cell degranulation / Interleukin-6 signaling / response to starvation / Dectin-2 family / response to testosterone / positive regulation of interleukin-4 production / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / amyloid-beta clearance / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of bone resorption / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / FCGR activation / protein monoubiquitination / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / positive regulation of type I interferon production / Role of phospholipids in phagocytosis / phosphatase binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phospholipase binding / protein autoubiquitination / Signaling by CSF3 (G-CSF) / GPVI-mediated activation cascade / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-12 production / Integrin signaling / positive regulation of TORC1 signaling / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SH2 domain binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / positive regulation of superoxide anion generation / animal organ morphogenesis / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / response to gamma radiation
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / : / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Zinc finger RING-type profile. / Src homology 2 domains / Zinc finger, RING-type / SH2 domain / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for a novel intrapeptidyl H-bond and reverse binding of c-Cbl-TKB domain substrates
著者: Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4714
ポリマ－79,4714
非ポリマー00
水10,359575
1
A: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5441
ポリマ－1,5441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1921
ポリマ－38,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5441
ポリマ－1,5441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1921
ポリマ－38,1921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7362
ポリマ－39,7362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
6
C: 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7362
ポリマ－39,7362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-8.7 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.793, 104.809, 52.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from Tyrosine-protein kinase SYK / Spleen tyrosine kinase


分子量: 1543.565 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 317-329, pTyr-323 phosphopeptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct / 参照: UniProt: P43405
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 2
断片: c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55
Plasmid details: Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→40 Å / Num. obs: 113559 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.767 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.45-1.53.30.25480580.3366
1.5-1.563.80.22594290.37677.2
1.56-1.634.40.213108360.40588.7
1.63-1.725.10.193118160.43496.7
1.72-1.835.80.163121460.48599.1
1.83-1.976.20.123121680.60599.5
1.97-2.176.70.092122150.86899.8
2.17-2.486.90.085122741.11799.9
2.48-3.1270.07122751.10999.9
3.12-407.30.063123420.98599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBL

2cbl


解像度: 1.45→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 15493
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2176 1.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs-97683 79.8 %-
溶媒の処理Bsol: 46.214 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.824 Å20 Å20.151 Å2
2--2.555 Å20 Å2
3---2.269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5156 0 0 575 5731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.103
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ptr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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