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- PDB-1yvh: Crystal Structure of the c-Cbl TKB Domain in Complex with the APS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yvh
タイトルCrystal Structure of the c-Cbl TKB Domain in Complex with the APS pTyr-618 Phosphopeptide
要素
  • 13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS
  • CBL E3 ubiquitin protein ligase
キーワードLIGASE / SIGNALING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / X-RAY CRYSTALLOGRAPHY / PHOSPHOTYROSINE / ADAPTER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of KIT signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Rap protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / flotillin complex / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity ...Regulation of KIT signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Rap protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / flotillin complex / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Regulation of KIT signaling / ubiquitin-dependent endocytosis / Interleukin-6 signaling / response to starvation / mast cell degranulation / response to testosterone / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of immune response / protein monoubiquitination / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein autoubiquitination / ephrin receptor binding / stress fiber / ruffle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / signaling adaptor activity / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / SH2 domain binding / brown fat cell differentiation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / response to activity / B cell receptor signaling pathway / response to gamma radiation / actin filament / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Spry regulation of FGF signaling / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of MET activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / insulin receptor signaling pathway / ubiquitin protein ligase activity / nervous system development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / growth cone / actin cytoskeleton organization / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / cilium / protein ubiquitination / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / symbiont entry into host cell / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain ...SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / PH domain / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ring finger / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Zinc finger RING-type profile. / SH2 domain superfamily / Zinc finger, RING-type / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / SH2B adapter protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hu, J. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Characterization of a Novel Cbl Phosphotyrosine Recognition Motif in the APS Family of Adapter Proteins
著者: Hu, J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2005年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBL E3 ubiquitin protein ligase
B: 13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8593
ポリマ－39,8352
非ポリマー241
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.257, 122.257, 55.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 CBL E3 ubiquitin protein ligase / E.C.6.3.2.- / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto- oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto- oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 1 / 断片: Tyrosine kinase binding domain, residues 25-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド 13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS / APS adapter protein


分子量: 1642.665 Da / 分子数: 1 / 断片: pTyr-618 phosphopeptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence appears in Rattus norvegicus, gene APS / 参照: UniProt: Q9Z200
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 29857 / Num. obs: 29857 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBL

2cbl


解像度: 2.05→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1424 4.8 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.2091 29732 --
obs0.2091 29028 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 54.8 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.543 Å20.836 Å20 Å2
2--3.543 Å20 Å2
3----7.087 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2565 0 1 188 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.168
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0.759
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.759
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.8221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2342
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.9272.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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