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Yorodumi- PDB-5c4l: Conformational alternate of sisomicin in complex with APH(2")-IVa -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c4l | ||||||
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Title | Conformational alternate of sisomicin in complex with APH(2")-IVa | ||||||
Components | APH(2'')-Id | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Aminoglycoside phosphotransferase / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus casseliflavus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Kaplan, E. / Guichou, J.F. / Berrou, K. / Chaloin, L. / Leban, N. / Lallemand, P. / Barman, T. / Serpersu, E.H. / Lionne, C. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2016 Title: Aminoglycoside binding and catalysis specificity of aminoglycoside 2-phosphotransferase IVa: A thermodynamic, structural and kinetic study. Authors: Kaplan, E. / Guichou, J.F. / Chaloin, L. / Kunzelmann, S. / Leban, N. / Serpersu, E.H. / Lionne, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c4l.cif.gz | 259.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c4l.ent.gz | 210.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c4l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5c4l_validation.pdf.gz | 768.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5c4l_full_validation.pdf.gz | 774.8 KB | Display | |
Data in XML | 5c4l_validation.xml.gz | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5c4l_validation.cif.gz | 31.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/5c4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/5c4l | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5c4kC 4n57S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37595.852 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E26Q, E30K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus casseliflavus (bacteria) / Gene: aph(2'')-Id / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O68183 #2: Chemical | ChemComp-4XR / ( | #3: Chemical | ChemComp-SIS / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 / Details: 12% PEG3350, 50-90 mM Ammonium citrate / PH range: 7.0 - 7.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.972957 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972957 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→37.1 Å / Num. all: 29965 / Num. obs: 28377 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4N57 Resolution: 2.35→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.533 / SU ML: 0.276 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.284 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.8 Å2 / Biso mean: 63.306 Å2 / Biso min: 23.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→37.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.411 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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